| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,518 | T→C | E11E (GAA→GAG) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,518 | 0 | T | C | 92.2% | 150.1 / ‑1.7 | 52 | E11E (GAA→GAG) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/3); new base C (23/24); total (24/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
GCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGCGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGG > NC_000913/66275‑66758 | gccgccAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTAGGTGAGTTTGCGGATCGGAGGAGGGCGTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGGTGCGAGGCTAACCGCGACCATATCGTCATCGGTCATGATGCTGTAAGCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACTAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCATGTGGGCTTCTAAtt < 2:426025/251‑2 (MQ=255) ccAAAGGACGGGAATGCATGATTGAGCAGTCTGTGAGGTGGCGTATCGGGTGTGGGCGTTTTCGCACCTTCAACCACGTCACCGGGTTCGATGCTAACCACGACCATCGCGTCAGCGGTCATGATTCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGTGCCGACGTTGCCCCATGTTAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCTCCAGGTTGGCCTCTAATatct < 2:235404/250‑4 (MQ=255) aaTGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCGCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGc > 1:109344/1‑251 (MQ=255) tGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGt > 1:463043/1‑251 (MQ=255) 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cgcgATTAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGATTCCTTCGTTCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTaaagttggcgctgttaagccagatatcgctctcgatctctccttcatgccactgatcgtagctgat < 1:54415‑M1/251‑67 (MQ=255) gcgATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTaaagttggcgctgttaagccagatatcgctctcgatctctccttcatgccactgatcgtagctgatc > 1:38230‑M1/1‑184 (MQ=255) gACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTaaagttggcgctgttaagccagatatcgctctcgatctctccttcatgccactgatcgtagctgatctctttgatttccag < 1:155069‑M1/250‑82 (MQ=255) 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GCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGCGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGG > NC_000913/66275‑66758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |