| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 66,494 | G→A | H19H (CAC→CAT) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,494 | 0 | G | A | 96.5% | 163.7 / ‑3.6 | 57 | H19H (CAC→CAT) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (26/29); total (27/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
GTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGCGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCC > NC_000913/66251‑66737 | gtggcgCGAGGGGGTGTGCACAAGGCCGACAATGGACGGGAATGACTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATAGGAGGAGGGCTTTTGCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTGCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGTCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTg < 1:185370/251‑1 (MQ=255) ggcgCGATTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTgg < 1:114107/250‑1 (MQ=255) cgcgAGTGTGTGTGCCCAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTTAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAg < 1:2956/251‑1 (MQ=255) cgagAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGAAGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAGAGACGCAGCGCTCGCGTTCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGGGAGCGTGACAAGGTTATGTTTTGGc > 2:180700/4‑249 (MQ=255) 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cATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTCTCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTaaagttgtcgctgttaagccagatatcgctctcgatctctccttcatgccactgatcgtagctgatctctttgatttccagcgtgacctggg > 2:429835‑M1/1‑159 (MQ=255) ccAGGTTATGCTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTaaagttggcgctgttaagcccgatatcgctctcgctctctccttcatgccactgatcgtagctgatctctttgatttccagcgtgacctggtgacttgccagaat > 2:199667‑M1/1‑146 (MQ=255) | GTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGCGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCC > NC_000913/66251‑66737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |