| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,343 | T→C | T70A (ACG→GCG) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,343 | 0 | T | C | 97.7% | 135.4 / ‑4.2 | 44 | T70A (ACG→GCG) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (19/24); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
ACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCT > NC_000913/66102‑66581 | aCGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAAc > 1:385792/1‑251 (MQ=255) caccGTTGATTGCTGCGTCGTTCATTTGGCGGGGGCAGGGAATGGTTCCGTAGAAATAGTCGGCGGTGGG‑GGTGCCGGTTGCTGGAATCGCCTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGCCGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGAc < 2:170752/248‑1 (MQ=255) accGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGGGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGGTAGAGCAGTCGGTGAGGTGGCGTATCGGGGGAGGGCTTTTTAGCACCTTCAACCCCTT‑CACCGGTTTCGGTGCTAaccaccaccc > 2:90375/2‑250 (MQ=255) accGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGGGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATCGAGCAGGCGGTGAGTTGGCGGATCGGGGGGGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTT‑CCCCGGTTTCGATGCTAACCACGAcc > 2:420630/2‑250 (MQ=255) 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aggGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCt < 1:400719/251‑1 (MQ=255) | ACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCT > NC_000913/66102‑66581 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |