| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,323 | G→A | D76D (GAC→GAT) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,323 | 0 | G | A | 97.7% | 110.1 / ‑4.2 | 44 | D76D (GAC→GAT) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (19/24); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
GATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGT > NC_000913/66077‑66564 | gATACCCTTTTTGTCGAAGTTTTCTACGATGCCTGTACCGTTTTCACACTCAGCTGCACCGTTGATTGCTGCGTCGGTTATTGTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAAGAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGGGGCGTGGCGCGAGTGTGTGGGCACAATGCCGTCAATGGACTGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCgt < 2:36664/251‑2 (MQ=255) tttttCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGGGGCGGGCt > 1:429037/1‑251 (MQ=255) aaGGTTTCTTCGATGACGTTTCCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGTTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCT‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCgc < 1:324286/251‑2 (MQ=255) aCGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAAc > 1:385792/1‑251 (MQ=255) 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aGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAATGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTAATCCCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGt > 1:244836/1‑251 (MQ=255) | GATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGT > NC_000913/66077‑66564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |