| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,308 | C→T | R81R (CGG→CGA) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,308 | 0 | C | T | 93.0% | 101.8 / NA | 44 | R81R (CGG→CGA) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (17/23); minor base G (2/1); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCATCGATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTT > NC_000913/66070‑66553 | cTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGGTGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGCCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGCATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGAGGCGGGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGTACGGGCATTCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTggg > 1:259780/1‑250 (MQ=255) aTCGATTCCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACTTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCgtat < 1:128284/251‑3 (MQ=255) aTCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGTTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGGGCACAATGCCCCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGGCGGCGGTGAGTTggggtat > 2:198964/1‑246 (MQ=255) gATACCCTTTTTGTCGAAGTTTTCTACGATGCCTGTACCGTTTTCACACTCAGCTGCACCGTTGATTGCTGCGTCGGTTATTGTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAAGAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGGGGCGTGGCGCGAGTGTGTGGGCACAATGCCGTCAATGGACTGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCgt < 2:36664/251‑2 (MQ=255) 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agagCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGTAGGGCTCTTTCGCACCTTCAACCACTT‑CCCCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAAGCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGCCGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCATCGCCAGGTTGGCCTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACAt < 2:129173/250‑1 (MQ=255) agcagtCGGTGAGGTGGCGTATCGGAGGCGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGACAGCGGTCATGATGCTGTACTCGACGCCGGAAGGTTTGATAACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCCTCTGATAACTGACGTTTGAGATCTTCTAAAATGtt > 2:399782/1‑251 (MQ=255) | CTGCATCGATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTT > NC_000913/66070‑66553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |