| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,263 | C→T | T96T (ACG→ACA) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,263 | 0 | C | T | 94.6% | 95.0 / NA | 37 | T96T (ACG→ACA) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (16/19); minor base G (1/1); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCATGCAAACGGGCCGTGGGAATGGACCAGAACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAG > NC_000913/66021‑66505 | gcccATGCAAATGGGCCGTGAGAATGGACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCTTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAAGGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTGGCTGGAATCGTCTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGca < 2:334298/249‑1 (MQ=255) aaaatgggCCGGGAGAATGGACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATTCCATGTTTTGCGACGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCAAATTCTCCTGTGATTTCTGCGTCGGTCATTTCGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGTTTGCTGGAACCGACGGGTCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATgccg < 1:71902/246‑1 (MQ=255) ccGTGAGAATGGACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGGGTGTGTGCACAATGCCGCCCATgg > 1:260598/1‑250 (MQ=255) gAATGGACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATGCCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCCCAATGCCGCCAATGGACGGGa > 1:418595/1‑250 (MQ=255) 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CCCCATGCAAACGGGCCGTGGGAATGGACCAGAACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCG‑TGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTT‑CACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAG > NC_000913/66021‑66505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |