| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,926,292 | C→T | intergenic (+96/‑16) | queF → / → ppnN | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,926,292 | 0 | C | T | 96.2% | 146.3 / ‑1.8 | 53 | intergenic (+96/‑16) | queF/ppnN | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (25/26); total (27/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
TCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTG‑AAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCCCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGAT > NC_000913/2926054‑2926537 | tCTTTAATGTCCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTG‑AAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGtt < 2:302632/250‑1 (MQ=255) aaTGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTAAGCACGTTATACCTGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTTATAGCGATTTTGTCCCATCGGCCACAAGACTAGTTCGGCAATGAATTTTTTCTCCATTTTTCGTGCTGGTTTCCCGGAGAAGGATGTG‑AAATGTCTACAGGCAGGGCTATTGTAATCACAAGGAATGAAGATATTAGTCTCATAAGGGGTTTTTCtt > 1:441818/1‑251 (MQ=255) tcccttttACGCTTCTGCCCGCCAGGAAAATTTAGCGTTTTCGCACGTTATACCCGTCGTTGCCGTCTTGACATTAACCCGTTGCGCAGTAATAGCCATTTTTTCCCATCCACCACAAGACTTGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTG‑AAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGa < 1:1869/244‑1 (MQ=255) gTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACCAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTG‑AAAGGTCATCAGGAAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGGCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTacac > 1:261366/1‑251 (MQ=255) 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TCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTG‑AAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCCCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGAT > NC_000913/2926054‑2926537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |