| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,748,396 | G→A | A145A (GCG→GCA) | ypjD → | cytochrome c assembly family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,748,396 | 0 | G | A | 96.3% | 152.8 / ‑3.1 | 54 | A145A (GCG→GCA) | ypjD | cytochrome c assembly family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (25/27); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
AGCCTGCTGAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCACGCTTTGCACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCG‑ACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTG > NC_000913/2748151‑2748635 | aGCCTGCTGAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGc > 1:356890/1‑250 (MQ=255) ctgctgAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACt > 1:443860/1‑251 (MQ=255) aCGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTgg < 1:377312/251‑1 (MQ=255) tGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGgatt < 1:330848/250‑1 (MQ=255) ggTCAGTTTGATGATCTGTTCGGTCATGACCATTGTGGCGTCTCGCAATCTTGGCTGGCTGCTGCTACCCAATGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTTGAAGCTACGCCTGGGATGCTGTTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCaa < 2:222482/250‑1 (MQ=255) gTCAGTTTGATGATCTGTACGGTAATGATCATTTTGGCTTCACGCAATCGTGGCTGGCTTCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCATCCTTCATGCCCAATGAATTCATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt < 1:373648/251‑1 (MQ=255) tttGATGATCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGTTTGTTTACCAACTgc > 2:120478/1‑247 (MQ=255) atgatCTGTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCCTCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa > 2:72197/1‑250 (MQ=255) gttcgggaCGGTAATGACCATTGTGGCTTTTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCGTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATGGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCATGTACGCACGGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaaga < 2:388527/244‑1 (MQ=255) gTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGc < 1:414553/249‑1 (MQ=255) gTACGGTAATGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACGGAAGAACAAGAAGCTg < 1:356006/251‑1 (MQ=255) aTGACCATTGGGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAATCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTaa < 2:43353/251‑1 (MQ=255) tGACCATTGTGGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCCTTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGCAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGGGGATTGATTACCAACTGAAGAACACGACGCTGGCGTTTAAc > 2:451514/1‑251 (MQ=255) tgtgGCTTCTCGCAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACCTTGGCTTATCGCTCTTTTCCTCTGCCACGCTAATTATCGCCACCCTGTACGCACTGCCACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGACCAAGAATCTTGCGGTTAACCAGGaa > 1:296310/1‑250 (MQ=255) cAATCGTGGCTGGCTGCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGACATGCCGCCATtgt > 1:226910/1‑250 (MQ=255) gctggctgCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAAACTTCATGCCCAATGAATACATCCCCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCCCATTGGATTATCGCTCTTTTCCTATGCCACTCTAATTATCGCCGCCCTGTAAGCACTGCAACTGGCGTGGGCTGATTACCAACCGAAGAACAAGAATCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATTAGTAt > 2:344882/1‑250 (MQ=255) ctggctgCTGCTACCCATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGATAATTATCACAGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTACCCAGGAAATGCCACCATTGATGAGTATCg > 1:328765/1‑251 (MQ=255) gctgctgctCCCCATTGTCTATGCCTTCGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGc < 2:327338/251‑1 (MQ=255) ccATTGTCTATGCCTTTGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTc > 2:77490/1‑251 (MQ=255) attgtttttGCCTTTGCGCTTAGCACCCTTGCGCTGGCAACCTGTATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGTTTATCGCTCTTTGCCTACGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTTGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGATTATCGATCGTAAAATGTTCca < 2:257305/243‑1 (MQ=255) tGCGCTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTAGCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACAGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGAtt < 1:72197/250‑1 (MQ=255) cgcTTATCAACCTGGCGCTGGCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGc > 1:453313/1‑251 (MQ=255) 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ggCAACCTTCATGCCCAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCa < 1:74468/251‑1 (MQ=255) aTGCCCAATGAAAACATCACCCATATGGAAGCTACTCCTGGGATGCTGGTGCACATGGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAAAAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGAGGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGGGGTGCTGCTAACGCTCACGCTGTGCAc < 2:443860/251‑1 (MQ=255) ccAATGAATACATCACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCACGCTTTGCCCTGGc > 2:430216/1‑251 (MQ=255) 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cACCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCACGCTTTGCACTGGCCTGTTCTACATGc > 1:405479/1‑251 (MQ=255) aCCCATCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATAGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCACGCTTTGCACTGGCCTGTTCTACATGcc > 2:192724/1‑250 (MQ=255) aTCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGtt > 2:227332/1‑181 (MQ=255) aTCTGGAAGCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGtt < 1:227332/181‑1 (MQ=255) 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ccTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATAGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCACGCTTTGCACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGa < 1:192724/251‑1 (MQ=255) tGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTGCTGCTAACGCTCACGCTTTGCACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGaa > 2:121082/1‑250 (MQ=255) gggATGCTGGTGCACATTGTCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACTCACTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAACCAGGAAATGCCGCCATTGATGAGTATCGAGCGTAAAATGTTCCACATCACGCAGATTGGCGTGGTTCTGCTAACGCTCACGCTTTGCACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGaa < 1:420152/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |