| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,738,377 | C→T | H178H (CAC→CAT) | purR → | DNA‑binding transcriptional repressor PurR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,738,377 | 0 | C | T | 95.5% | 121.9 / ‑1.6 | 44 | H178H (CAC→CAT) | purR | DNA‑binding transcriptional repressor PurR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (25/17); total (26/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
TGAGAAACAGCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTG‑CTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGA > NC_000913/1738146‑1738622 | tGAGAAACATCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTG‑CTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCAt < 1:253809/249‑1 (MQ=255) 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gctgGGGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTG‑CTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGCTTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCTTCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGAGCAGGCCGCCTTCCAGGTTTTATGAAgg > 2:249078/1‑251 (MQ=255) ggTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTG‑CTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCg > 1:432846/1‑250 (MQ=255) gtggtgtTCTGAGGACCCAGTGCCGGTGACTG‑CGTTGGTGGTAGTGTATCTCCATATCCCAACGATGGGCATGGACTGGGTGGAATCAAAAGCTTACGTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCTGGGCGTTATCTGATTGAACTCGGTCATCGCTTAGTCGTCGTCATCCCGGTCGCGCGGGAACGTTACACCGGGGCAGGCCGCTTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATg < 2:278647/247‑1 (MQ=255) 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gAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGtgctgc > 1:389572/1‑251 (MQ=255) aaCGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTgctgct < 1:110872/251‑1 (MQ=255) aCGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGAGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCCGCCGCATAGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGatgctg > 1:424197/1‑251 (MQ=255) ggTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCtgatga < 1:401531/251‑1 (MQ=255) | TGAGAAACAGCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTG‑CTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGA > NC_000913/1738146‑1738622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |