| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 30.8% | 48.4 / 11.4 | 41 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/3); new base C (1/11); total (25/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCC > NC_000913/2744865‑2745335 | accccGGAAAAAACCGGGAAACGGAATCAATCATCCGCATTGCTGGTAACGCACCCCCATTGAGAACGAAATCGCCGATTGACTTTTCCTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATCCCTGC‑GAAGCGACCGCACCCGAGAGT‑CAATTTTTGGTTCGTTGCGAGTTCGTTGACGCCTTCTGGAGCAAGCGTGGGTCCGTGGTTTGACAGAAAGATCTCCTTTGCGCCtccccttggcgcggct < 2:431482/249‑16 (MQ=255) cccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCTCCGCGGCttt > 1:179709/1‑251 (MQ=255) accGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACAACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCACTTTCGGTTTAGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCCCACCAGAAT‑CAATTTTTGATTAGTTGCCAGTTCGCTGACGCACGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGTCCGATAAATCACCTTTGAGCCTTCACCCGCCGCGGCttt > 1:300667/2‑251 (MQ=255) gggAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATg < 1:184526/251‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTAACTCACCCCCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCTTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACcat < 1:86321/251‑1 (MQ=255) gCTGGTACCTCACCACCACTGAGAACGTAATCTCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTGC‑GGAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTCCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGTTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACcatca < 1:55437/250‑1 (MQ=255) cTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGCTTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACcatcctt > 1:17305/1‑248 (MQ=255) gggTATCTCACCACCCCTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTTTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATCCCTTC‑GTAGCGACCGCCCACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAACCACCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTa < 1:454889/250‑1 (MQ=255) gTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAAc > 1:388855/1‑251 (MQ=255) cccccccTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCTTTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGACCACGCGCTCACCTATACCTCC‑GTAGCGCCCGCACCCCAGAAC‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGCCGCCCGCTTGATCAAGTTTGCGTCCGTGTGGTGACAGAAAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCgg < 2:24925/245‑1 (MQ=255) 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cggttggacccccgcgCTCATCGACCCCTTC‑GTGGCGACCGCACACCAAAAT‑CAATTTTGAATTCGTTGCCGTTTCGCGGCCCCCCGTTTAAACAGGCTGGCGGCCCTGTGGTGACAGAAAAATCCCTTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATg < 1:138877/238‑1 (MQ=255) gTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGt > 1:421836/1‑251 (MQ=255) ttGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCTTTGCCAGTTCGCTGACGCCTGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGCCAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTACACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGGCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTgg > 2:304183/1‑250 (MQ=255) 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cGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTATGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGttc > 2:114172/1‑250 (MQ=255) cAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCCGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCgg > 2:147936/1‑250 (MQ=255) aGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGGGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCCCGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCCGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGt > 2:418890/1‑250 (MQ=255) ttCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGGGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGAGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCGCGGCCAGTTACCCCGTAAt > 1:39570/1‑251 (MQ=255) cGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTgcgc < 1:219286/251‑1 (MQ=255) gACAGATAAACCCCCTTTGCCCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTa < 1:405435/250‑1 (MQ=255) aaTCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATcc > 1:143308/1‑251 (MQ=255) | CTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAAT‑CAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCC > NC_000913/2744865‑2745335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |