| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,380,292 | 2 bp→A | coding (225‑226/735 nt) | frdB ← | fumarate reductase iron‑sulfur protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,380,292 | 0 | G | . | 93.9% | 255.2 / 14.3 | 69 | coding (226/735 nt) | frdB | fumarate reductase iron‑sulfur protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); major base . (33/29); minor base A (1/3); total (35/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,380,293 | 0 | T | A | 92.5% | 190.5 / 5.4 | 67 | K75N (AAA→AAT) | frdB | fumarate reductase iron‑sulfur protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base A (33/29); total (35/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGTAGCACAAACCACAGTTGATGCAACCGGAGAACTGGTGATACTTCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAGTTTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTT > NC_000913/4380047‑4380533 | ggcgTAGCACAAACCACAGTTGATGCAACCGGAGAACTGGTGATACTTCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAAtttgg < 1:359818/251‑3 (MQ=255) ggtagcccgaaCCCCAGTTGGTGCCTCCGGAGAACGGGGGATCCTTCGCCATCGTG‑GCCGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGAGCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGGTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGTTCATAGCGACCACCAGATCGCGTTCAATCTGGAAGTTAGCGAACGCTTCAACCGTCATTCCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGTTTTTCCATGCCAAtttggca < 2:158123/242‑5 (MQ=255) aGCACAAACCACAGTTGATGCAACCGGAGAACTGGTGATACTTCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTGGATGATAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAATTTTG‑CACgt > 1:306050/1‑251 (MQ=255) gCACAAACCACAGTTGATGCAACCGGAGAACTGGTGATACTTCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTAGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACgtt > 1:83961/1‑251 (MQ=255) 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gTTGATGCATCCGGAGAACTGGTGATTCTCCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTTGATGTTAGTACCCTGATCCTCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTTCGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGTGTCTTATCGACCACCAGATCTCGTTCAATCGTTTAGTTAGCTAACGCTTTAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGTTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACTTTGTTAACcatcat < 1:22398/251‑1 (MQ=255) tGATGCAACCGGAGAACTGGTGATACTTCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATg < 1:260920/250‑1 (MQ=255) ggTGATACTTCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCg > 1:407267/1‑251 (MQ=255) cgcCGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCg > 1:506859/1‑251 (MQ=255) ccGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGt < 1:371929/251‑1 (MQ=255) ggTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGACGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGCCCAGCGGTAGcg > 1:448899/1‑250 (MQ=255) atgatAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACAATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCCCAGGTcc > 2:384953/5‑251 (MQ=255) gTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCACCCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACCGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCgg > 2:275434/1‑251 (MQ=255) gTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGCAGCTCAGGTCCgg > 1:426120/1‑251 (MQ=255) ttaggccccTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCgg < 2:83961/244‑1 (MQ=255) aGTACCCTGATCCGTGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGc < 1:176235/251‑1 (MQ=255) aGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTACGGTGc > 1:202726/1‑251 (MQ=255) tGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTg > 1:365909/1‑251 (MQ=255) aTCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGGCCGGGGCCAGGTTGTc > 1:441048/1‑251 (MQ=255) cgcgGTGCGGGAGTTGCTGGTGTTGTACTGTTTGATCGCGTCCAGACGTTCGAGGAAGTTGGGCATTTCGACCTCCAGATCGGGTTCAATCGGGAAGTGAGCGAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCGCGCGGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCGCGTTGTTAACCGTGTTGCCGCGGGATTCGGAGATCGTCATAGGGCAGGAGCAGCGGGAGCTCAGGTCGGGTGCCATGTTGTCttt < 2:541217/251‑1 (MQ=255) 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cGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCAt < 1:168877/251‑1 (MQ=255) gatgatGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACTCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATc > 1:364331/1‑251 (MQ=255) gatggtcGGTGTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGGGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGGTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCA‑ATTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCa < 2:399498/244‑1 (MQ=255) 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GGCGTAGCACAAACCACAGTTGATGCAACCGGAGAACTGGTGATACTTCGCCATC‑TGCGCCGGGGTCTGGATGTTAGTACCCTGATCCGCGGTGCGGGAGTTGCCGATGATGTACGGTTTGATCGCTTCCAGACTTTCGATGAAGTGGGTCATATCGACCACCAGATCGCGTTCAATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAGTTTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTT > NC_000913/4380047‑4380533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |