| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,599,947 | G→T | L14F (TTG→TTT) | gcvR → | putative transcriptional regulator GcvR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,599,947 | 0 | G | T | 88.7% | 125.6 / 12.8 | 53 | L14F (TTG→TTT) | gcvR | putative transcriptional regulator GcvR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base T (30/17); total (33/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-02 | |||||||||||
CATTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCAT > NC_000913/2599706‑2600188 | caTTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGAt > 1:233155/1‑251 (MQ=255) ccatcTGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACTTGTGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAATCAGACAGAACCTTTCTTATTGTTTTATGCATGTTTTTGTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACTCTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTTCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATtgt < 2:542104/250‑1 (MQ=255) ccatcGGAGTAATAACCGCGACAATACGTCCCGTGAACATTGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCACAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTGTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATAACTGCGTTTGGTGCCGTTCGCCCTGGAATtgt < 2:113507/250‑1 (MQ=255) atcGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGa > 2:90275/1‑250 (MQ=255) 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ccTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAg < 1:341013/250‑1 (MQ=255) aaaCAAGTGTCTCAATGGTACGGTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTATTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCt < 2:5653/251‑1 (MQ=255) aaTGGTTCGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGga < 1:372354/251‑1 (MQ=255) 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caagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCTCCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCttt < 1:422911/251‑1 (MQ=255) caagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCttt < 1:90275/251‑1 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATAACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GACTGGCGAAGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCggg > 2:391736/1‑250 (MQ=255) gTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGTAGA‑AGAGTTCCCGTTTATTTTGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATg > 2:334928/1‑251 (MQ=255) ttCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGc > 2:334963/1‑251 (MQ=255) ttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTActct > 1:214631/1‑251 (MQ=255) 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aGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGcc < 1:47437/251‑1 (MQ=255) aacaacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCACAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGATTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAAAGTTACCGTTGAAAGGAGCCg > 1:380504/1‑250 (MQ=255) acaacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGa > 1:28954/1‑250 (MQ=255) 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cTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCCTTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCtttt > 2:383488/1‑251 (MQ=255) ttAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTAATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACACGTCATGACAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGGGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGGGCCGACCGGGATCtttt > 2:100858/1‑250 (MQ=255) aaaGGAATAACCAGTTTGGCACTGTCATCGTAACATTAGCTGGGTATCACTGCGTTTGGTGCCGATCTCCCTGGAATTGTTAACACCATCACGCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCCGGCGATGCTGGGAGA‑AGATTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAAGGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTTAAAGGTGCCGAACCGGATCTCTTAAt < 2:85572/251‑1 (MQ=255) 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aGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAgcg > 1:108729/1‑251 (MQ=255) tGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCacg > 1:163971/1‑251 (MQ=255) cacTGTCATCGCAACATTATCTTGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATAACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCCCGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGAGCCGAAATGGATCTTTTAATCGTGATGAAgcgccagccg > 1:513529/1‑245 (MQ=255) aaCATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTc > 1:516334/1‑128 (MQ=255) aaCATTATCTGGTGATCACTGCGGTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTc < 2:516334/128‑1 (MQ=255) cATTATCTGGTGATCACTGCGGTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGGTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAAGCAACGTTACCGTTGAAAGGGGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCgcgtccgcgtcc < 1:497566/251‑1 (MQ=255) aTTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTACGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTTCCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGcgtccgcgtccg > 2:133423/1‑251 (MQ=255) cTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAAt > 2:190416/1‑251 (MQ=255) tGGTGATCACTGCGTTTAGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGGGA‑AGAGTTCCCGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGAGCCGACATGGGTCTTTTATTCTTGATGAAGCGCCAGACGGcgcgcccactaccgccccg > 2:204304/1‑235 (MQ=255) gATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCa < 1:86301/250‑1 (MQ=255) aTCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGc > 1:488448/1‑251 (MQ=255) cACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACACGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGGAATATTGAAGACA‑GAC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGCATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGCTGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCAt > 1:521900/1‑251 (MQ=255) | CATTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACA‑GTC‑GCCTGGCGATGCTGGGAGA‑AGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCAT > NC_000913/2599706‑2600188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |