| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,661 | A→T | intergenic (+503/‑108) | nth → / → dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,661 | 0 | A | T | 96.8% | 82.7 / NA | 31 | intergenic (+503/‑108) | nth/dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (25/5); total (26/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGAAAGTGCAAGATAGTGAACATTACCTGCCGTTTCCCCTCCCACTATAACAATTGCGCGTATGTTTTTTATACATAACGCGAGAAAGCACCCCCGTTAATATGGGATGTAAAAAAAGAGGTAAAAGTGTCCACTGCAAACCAAAAACCAACTGAAAGCGTCAGTTTGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACA > NC_000913/1712413‑1712890 | agatTGACCTACAAAAAATTACACGGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATAAACCCCCTCTCAGAGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGATGGATAACCTTTCCCGGACTGGTTGAATACACCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTAAAAAGGACTTGTCTAAAAGTGCAAGATAGTGAAc > 2:417362/3‑251 (MQ=255) 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ATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGAAAGTGCAAGATAGTGAACATTACCTGCCGTTTCCCCTCCCACTATAACAATTGCGCGTATGTTTTTTATACATAACGCGAGAAAGCACCCCCGTTAATATGGGATGTAAAAAAAGAGGTAAAAGTGTCCACTGCAAACCAAAAACCAACTGAAAGCGTCAGTTTGAACGCTTTCAAACAACCGAAGGCGTTCTATCTCATCTTCTCGATTGAGTTATGGGAACGTTTTGGTTATTACGGCCTACA > NC_000913/1712413‑1712890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |