| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,301,992 | A→T | N271Y (AAT→TAT) | oppA → | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,301,992 | 0 | A | T | 98.3% | 148.2 / NA | 62 | N271Y (AAT→TAT) | oppA | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (34/25); minor base G (0/1); total (35/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
TCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGC‑TACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGT‑TACACTCCACCGTATAC > NC_000913/1301746‑1302224 | ccAACTTCACCTGTCCCAAAAGCCGCTATTGAGAAATTCGGCGAAAAATGGATCCAGCCTGGTAATAGCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGC‑TACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATaa < 2:411587/250‑1 (MQ=255) 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tCAACCGC‑TACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTATGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTaggt > 1:526368/1‑247 (MQ=255) cAACCGC‑TACCGTAGTGGTGAAACCGACATGCCGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTCCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATCCCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTaggtat < 1:336044/251‑6 (MQ=255) acaacctgtACCGAAGGGGTAAAATCGATATAACGTATAACAGAATGCCGATAGAATGGTTCAAGAATCTAAAAAAAAAGA‑CCCGGTACGAAGTTCCCGTTGACCCAATCCGGGCCATTAACTATATCGAAATTAACACCAAAAAACCGCCTTCCAACGATGGGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGAACGCGATATCATTGTTAAGAAATTGATAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTaggt < 1:380369/242‑4 (MQ=255) aaCCGC‑TACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGCGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGCAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTaggtat > 2:518981/1‑245 (MQ=255) aaCCGC‑TACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTaggtat > 1:165517/1‑245 (MQ=255) aGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTA‑GGTATACACTCCCCCGt > 2:289306/1‑250 (MQ=255) ggtgAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTA‑GGTATACACTCCACCGTATAc < 1:133131/251‑1 (MQ=255) | TCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGC‑TACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGG‑ACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGT‑TACACTCCACCGTATAC > NC_000913/1301746‑1302224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |