| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,366,433 | G→A | G295D (GGC→GAC) | puuE → | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,366,433 | 0 | G | A | 93.6% | 146.6 / 2.2 | 47 | G295D (GGC→GAC) | puuE | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (21/23); total (22/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
GTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGGCACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGATTGCACAGAAAATCCAGCAACG > NC_000913/1366192‑1366679 | gTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGc > 2:170061/1‑251 (MQ=255) cAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAAc > 1:26600/1‑251 (MQ=255) cTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGc > 2:209801/1‑251 (MQ=255) ccGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGcg > 2:96375/1‑250 (MQ=255) aTTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGGATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGAGTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGcc < 2:285898/249‑1 (MQ=255) tCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTTATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGGGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCcgcg < 1:14092/250‑1 (MQ=255) gcgccgcCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGGAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAAGGCCAAGGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTGCGGGCGTGGTCGGGAACGCGAATATTTTGGACGCACCCGCGCCGGCCGGGCTTGGCGACACCTTCGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCcgcg < 1:406162/249‑1 (MQ=255) 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aTTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTGTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCGGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACaa < 2:47316/251‑1 (MQ=255) gtgATGGTTGCGGATGAAGTGCAAAGCATCTTTGCGCGTATCGTGAAGCTGGTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCTGGTTTAATGACTAGGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGTGATTCCGCTTTCGGGCGGGGTCTGTAAGGCTACTATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTTGCGACTCCTACTCCGGTAACCCGCTGGCGGGGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAATACTATGGACAAAg < 2:297673/250‑1 (MQ=255) gtgATGATTGCTGATGAAGGGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTGCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGa < 2:90344/251‑1 (MQ=255) 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gTACCGGTCAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGCAAAGCCTCGCGGGCGGGCTGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACCCCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGGTGCCGCGCACGCGGGGCTCAACAATATCGACCAAGAATCACTCTGCGACCGCGCGAATCAACTGGGCCAGCgg > 2:207561/1‑250 (MQ=255) aCCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGtc < 1:149140/250‑1 (MQ=255) gCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGGATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAacc > 2:281481/1‑250 (MQ=255) 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gTTTGCCATGGATCATTACGCCGATATGCCTGAGTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTTGGGAACTCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGTGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACg < 1:434233/250‑1 (MQ=255) gCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCCGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGAGGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCTGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCTTCTCAAAAACACGttgat < 2:424178/251‑1 (MQ=255) aTGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGttgattga < 2:142473/251‑1 (MQ=255) aTCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAACGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGGCACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGcc > 2:147687/1‑251 (MQ=255) aCGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGACGAACAGCCTCGCGGACGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGAAACGCGAATATTATGGACGAACCAGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGGTGACGCGCAAGAGGTGCTCCACATTATCGACCAAGAATAACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGGCTCAAAAAAACGTTGATTGAAGCCaaagc > 2:183728/1‑249 (MQ=255) aTAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGtt < 1:281481/251‑1 (MQ=255) aaGCCTCGCGGGCGGGTTGCCGCTTTCGGGCGGGGTCGGTAACGCGAATATTAGGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCGTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTgg < 2:364304/251‑1 (MQ=255) ggATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTTCGGCCATTGCTTCGGTACGCGGTCTGGGGTCGATGATTGCg < 1:139546/251‑1 (MQ=255) cGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTagag < 1:231027/251‑1 (MQ=255) gggCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACg < 1:115312/251‑1 (MQ=255) gggCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACg > 1:168936/1‑251 (MQ=255) cGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATc > 1:407368/1‑251 (MQ=255) gTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGTTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACGCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACTTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGTGGTCGATGATTGCGTTAGAGTTTAACGATcc < 1:175088/251‑1 (MQ=255) ggTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTCCGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTTTCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTTCGGGAGAGTTTAACGATcagc > 2:357366/1‑248 (MQ=255) gTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACg < 1:96375/251‑1 (MQ=255) 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aCGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACCTTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGGACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAgcggcg > 2:405435/1‑251 (MQ=255) gCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGCAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGAt > 1:306367/1‑251 (MQ=255) gcgggcTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCGCTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGATTGCACAGAAAATc < 2:317137/251‑1 (MQ=255) gggcTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGATTGCACAGAAAATCCa < 1:132740/251‑1 (MQ=255) ggcgacACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTAGCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGGTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGATTGCACAGAAAATCCAGCAAcg < 2:168213/251‑1 (MQ=255) | GTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGGCACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGATTGCACAGAAAATCCAGCAACG > NC_000913/1366192‑1366679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |