| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 36.6% | 57.7 / 11.0 | 41 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/6); new base C (0/15); total (20/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCC > NC_000913/2744854‑2745335 | aTGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GATAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCAc < 1:39124/251‑1 (MQ=255) cGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCCCCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTtg < 1:140550/251‑1 (MQ=255) aaaCCGGGAAACGGAGTAAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATGCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCAt < 1:398038/251‑1 (MQ=255) gAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGc > 1:365519/1‑251 (MQ=255) aaaaCTGAGTCAATCAGCGTCTTTGCTGGTAACTCACCACCACAGAGAACGTAAGCGCCGATTGACCATTCTGCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCATTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAAGCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGc < 2:343675/250‑1 (MQ=255) aaaCGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGAACATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGacaggcg > 1:86487/1‑245 (MQ=255) aaCGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGTTAACCCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATCCCTTCGTAGCGCCCGCCCACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGGGGT‑GACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATAAATGGCGt < 2:87120/251‑1 (MQ=255) aTCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAggg < 1:72273/251‑1 (MQ=255) aGCGTCATTGCTGGTAACTCACCCCCACTGAGAACGTAATCGCCGATTTACCATTCTTCGTCAATTCCGGTTTGGATCACGCGCTCTTCTATTCCTTCGTAGCGTCCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTGGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGAAAAATCCCCTTGGCGCCTTCTCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTg < 2:311116/251‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTAACTCACCCCCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCGTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACcat < 1:14052/251‑1 (MQ=255) 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cGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGc > 1:21292/1‑251 (MQ=255) ggTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTACCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGAT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCCGCTTTTGCTGAATGCATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCg > 1:291402/1‑251 (MQ=255) cgcTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAgg > 1:324486/1‑251 (MQ=255) cggggcggccgccacccagacgcAATTTTTGATGCGTTGCAGGTCCGCTGACGCCCGCTTGA‑CAAAGGTGGGGCCCTGGGGTTGAAAAAAAAACCCCCTTGGCGCCTGCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGTTTGCACCATCATGAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAATTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATg < 2:32499/229‑1 (MQ=255) ccccccAGAACCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGAAAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGc < 1:74471/197‑1 (MQ=255) cacaCCAGAATCAATTTTTGCTTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCACGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGc > 2:74471/1‑201 (MQ=255) tGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCTTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGc < 1:428233/250‑1 (MQ=255) gttgcccgttcgcgtccGCCCGCTTGATCAAGCTTGCTTCCCTGTGGT‑GACAGAAAAACCCCCTGGGCGCCTTCACCCGCCGCGGATTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTAc < 1:82016/235‑1 (MQ=255) gTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTAc > 2:188811/1‑251 (MQ=255) tGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAACCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGCGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTAccc > 1:142378/1‑251 (MQ=255) 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gACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTACCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCAACCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTa > 1:147/1‑250 (MQ=255) actcccGTTTGATCACGCTTGCGTCCCGGTGTT‑AAAAGATAAACCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCTCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATGTTTAACGGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAAt < 2:272423/248‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCgg > 1:325325/1‑250 (MQ=255) aaGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCACGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACAttt > 2:177327/1‑251 (MQ=255) aaGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCAGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACAttt > 1:437470/1‑251 (MQ=255) aacTTGCGTCCATGTGGT‑GACAGATAAATAACCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTACGCCACCGTAAGTCCGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCTGCCCGTTACCCCGTAATCGCGAATTTCGCGGAACATTTc > 2:352803/3‑251 (MQ=255) 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ATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGT‑GACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCC > NC_000913/2744854‑2745335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |