| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 862,535 | 0 | C | T | 31.1% | 71.0 / 14.0 | 45 | V24V (GTG→GTA) | ybiW | putative pyruvate formate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/25); new base T (12/2); total (18/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGATCATCAATCTCTTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCC > NC_000913/862302‑862776 | aGATCATCAATCTCTTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCTCaaatatccacacccc > 2:132985/1‑238 (MQ=255) aaTCTCTTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTCCAATAT‑TC‑ACCACCGCAttttttt > 1:137144/1‑249 (MQ=255) ttCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATAGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTCCAATAA‑GT‑ACCAGCACAatttttttggcttta > 2:279528/1‑240 (MQ=255) tgctaTCCTCGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCACCTCATCGGTTTTGATCCATATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTTCCGGTATCGGCTTATCGAGATGTTGGTGATACATTTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCTGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTTTG‑CGTTTTa < 2:375250/246‑1 (MQ=255) ccACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCTGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGt < 1:62232/251‑1 (MQ=255) gaCAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAAATTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGCTACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTACCATAT‑GC‑AACACCGCACTTTTTTG‑CGCCTTTATCC‑GGGCGCTgg > 2:280483/1‑250 (MQ=255) aCAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCTCAAAAT‑TC‑ACCCGGGCAtttttttttgcttttattccgtcgctggg > 1:283071/1‑227 (MQ=255) cAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGc < 1:52831/251‑1 (MQ=255) tatTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTACACAAT‑GA‑ACCAGCGCCTTTTTTGG‑CGCGTTAATGC‑GGTCGCTGAGCggggc > 1:86379/1‑247 (MQ=255) ggAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑c < 1:276448/251‑1 (MQ=255) aaGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCCCAATAT‑TC‑ACCCGCGCATTTTTTTG‑CGCTTTTATGT‑GGGCGCTGGGCGGGTCCCGtttttg > 1:309338/1‑248 (MQ=255) cggcgcgAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCGGCGCGCGCTCGGTACAGACTTGCGGTTTCACAGTAT‑GC‑ACCAGCGCAGTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATg < 1:26451/251‑1 (MQ=255) cgcgaccgtctcTTGCCTGGTTGCCAATGAGCAACTCATCTTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTAGCCAGGTGATGCGCTAGTGCGCGCGCGCGACGTGCCGGGATCGGCTTAGCGAGATGTTGTTGATACATCGCGGTATATTGCTGCTCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑GCTAGCACTGTTGTGTG‑CGATTTAATTC‑GGTCGCTGATCGTGTCCTGTTT‑CAgtgttggagtggtt < 2:227247/240‑11 (MQ=255) cGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTCCAATAT‑TC‑ACCCGCGCCTTTTTTTG‑CGCTTTTATGC‑GGGCGCTGGGCGTGTCCCGGTT‑TAGTGTGGtgctgggtggtttcctc > 1:274328/1‑235 (MQ=255) tGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCGGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTcgcg < 2:125656/250‑1 (MQ=255) gCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCTCAATAT‑GC‑ACCAGCGCGTTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGGGGCTGAGCGTGTGCAGGTT‑TAGTGTGGGCATGGTTGGTATCCTCGTCAGGTCGCggg > 1:217176/1‑250 (MQ=255) 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cATCGTGGTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCGTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTgg < 2:306400/250‑1 (MQ=255) cGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTggcagg < 1:346070/251‑1 (MQ=255) ttGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATa < 2:309338/250‑1 (MQ=255) 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cAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTc < 2:235576/251‑1 (MQ=255) gTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCg < 2:274328/251‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTACAATAT‑TC‑ACCCGCGCCTTTTTGTG‑CGCTTTAAAGC‑GGTCGCTTGGCGGGTCCCGGTT‑TAGTGTGGGCATGGTTGGTATTCTCGTAAGGGCGCGG‑GTAACCCTTTCTGGCAGGCATAATCCTGGGCAAAATCGAGCAGTTCTGGGGCATCAAGCgggt > 1:298959/1‑249 (MQ=255) 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cGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAg < 2:137144/251‑1 (MQ=255) cGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCGCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAg < 2:283071/251‑1 (MQ=255) cGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGTCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATtaagt < 2:406731/250‑1 (MQ=255) 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2:410784/251‑1 (MQ=255) aTACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTACAAAAA‑TC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGGCGCCGAGCGTGTCCAGTTT‑TTCGGGGGTCATGGTTGTTTTTCTCGTAAGGGCGCGG‑GTAACACTTTCTGGCAGGGATACTGCTGGGGAAAGTCGAGGAGGTCTGGGGCGTCAAGAGGGTTTTTCGGGGGGTCCAAGGGCAGGATTA‑GTAAGGGGTATttgtt > 1:242815/1‑251 (MQ=255) gcgcgcgcTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑TC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAgg < 1:65530/251‑1 (MQ=255) cgcTCGGTGCAGACTGGCGGTTTTACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTTCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑GTAACCCTTGCTGGCAGGCATACTGCTGTGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCATGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATTGTGCTG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGCTGAGGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGa < 2:385215/251‑1 (MQ=255) aGACTGGCGGTTTCCCAATAT‑GCCACC‑GCGTATTTTTGTG‑CGGTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAAttt < 2:216192/251‑1 (MQ=255) aCTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑TCCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCg < 1:66897/251‑1 (MQ=255) aCTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCg < 1:86384/251‑1 (MQ=255) ggCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGcc < 1:435564/250‑1 (MQ=255) | AGATCATCAATCTCTTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATAT‑GC‑ACCAGCGCATTTTTGTG‑CGCTTTAATGC‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTT‑CAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGG‑TTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAG‑ATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCC > NC_000913/862302‑862776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |