| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,040,126 | G→T | L277L (CTG→CTT) | appB → | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,040,126 | 0 | G | T | 96.5% | 195.4 / NA | 57 | L277L (CTG→CTT) | appB | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (29/26); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTGACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTC > NC_000913/1039879‑1040351 | tgATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTAATGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACg > 1:278892/1‑251 (MQ=255) gATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGCCCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGGTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCGAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGGAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACgg > 2:305494/1‑251 (MQ=255) cTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTCACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGGGGCAGGGCTACCTGGTGCCTGGGTGAATAATTTTGTCGAGGCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGaaggg > 2:539785/1‑247 (MQ=255) gCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TTATGGc < 2:674719/249‑1 (MQ=255) gTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTTCACTGTTGTTGATGCTTTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTTGGTCGGTATTGATGGCTTTGTCCTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGTCAGTGCTACCTGGTGCCTTGATGAATAATTTTGTCGAGTCTCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGTATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGAtt < 1:269709/251‑1 (MQ=255) gTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGGATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATTCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGGGTG‑TGGCGAtt > 2:193245/1‑251 (MQ=255) cacaGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTTTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTAt > 1:252910/1‑251 (MQ=255) caGCTGGCGACCAATCGCGCTGCGCTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAAGCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCg < 2:284909/251‑1 (MQ=255) ggCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATGGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTc < 1:250311/251‑1 (MQ=255) gACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGGGGGTCGGTATTGATGGCTTTTTACTGCTCGCCCAGGGTGGTAACGGGCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGGGGCAGTGCTACCAGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTTGGGTTCTTC‑TGCCCATTGCTTTCGG‑TGATGGCGATTTTTCGTGGTCGcc > 2:542646/1‑251 (MQ=255) 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gggTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCACTTTGGCGTgg > 2:76807/1‑250 (MQ=255) gggTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGa < 1:539785/251‑1 (MQ=255) ggTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCCGGTTGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGAt > 1:648049/1‑251 (MQ=255) ggTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGAt < 2:189277/251‑1 (MQ=255) ggTTACTGGATGTGGGTCGGACTTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGTTTCAATTTGGCGTGAt > 2:444463/1‑251 (MQ=255) tGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCAc > 2:299395/1‑251 (MQ=255) 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tttGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATAtttt > 2:200300/1‑251 (MQ=255) tgtgGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGCCAGGACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTg > 1:167161/1‑251 (MQ=255) ggATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGcc < 1:614195/250‑1 (MQ=255) ccTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCGTGCC‑ATTGCTGACGG‑TGAGGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCACCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTGCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGGGCTGATATTTTTGCCCAtt < 2:648049/250‑1 (MQ=255) tgctgGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTTACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCCGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATCTTTTTGCCCATTGTGTTGctc > 2:368140/1‑251 (MQ=255) | TGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTC‑TGCCCATTGCTGACGG‑TGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTC > NC_000913/1039879‑1040351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |