Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 88,571 | G→A | V182M (GTG→ATG) | cra → | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 88,571 | 0 | G | A | 99.2% | 434.7 / NA | 126 | V182M (GTG→ATG) | cra | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (60/65); minor base C (1/0); total (61/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGT‑TCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGGTGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACA‑AGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAACGTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGATGGATGTCACGCTGCGTCGCGACGGCAAA > NC_000913/88328‑88816 | aGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGT‑TCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCAAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCtt < 1:12718/251‑1 (MQ=255) aCAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGT‑TCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTgcg > 1:647350/1‑251 (MQ=255) gAAATGGGGTTCATGGATCACCTTTTCCAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGAATCCTTTTAACCAACGCGGGGCTAACTACCCGT‑CCCCGTTGGTCGCGCTGGACCTCCCCTTCATTCGGGAACACTCCACCACCGTGGTTGGTGCCGAGCAGGAGGATGCCGAAATTCTGGCGTAAGAGTTCCGTAATTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGGGCGCTAcc < 1:623638/251‑1 (MQ=255) cGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGT‑TCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCt > 2:49634/1‑251 (MQ=255) cATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGT‑TCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTg > 1:480383/1‑251 (MQ=255) ttGAGCACCTTTTACGGCGTCGGGTGGATGCCATTTTTGTCTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTAAACAACGCGGGTCTAACGACCCGT‑TCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCTATCAGGAGGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGt < 2:623687/250‑1 (MQ=255) tGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCCTCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGT‑TCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGGGCGCTACCGGAGATTTCTGTc > 2:675799/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |