Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 4,571,280 | C→T | E99K (GAG→AAG) | yjiR ← | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,571,280 | 0 | C | T | 98.8% | 281.8 / NA | 82 | E99K (GAG→AAG) | yjiR | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (26/54); minor base G (0/1); total (26/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
ATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTG‑CAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTA‑CTGGCGGCTGGG‑CTTTACGTT‑GTGCGACAAAATAA‑CCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTC > NC_000913/4571041‑4571505 | aTGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGAACACCGAGCCACTGTCGAGCATCAGGCGGGGAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCAGCTAACCAGGCATAACCGCGAACGGGTTG‑CAGATTTTTCTGCACCAACCGGCTTAGCTTCCGCCACAGCGGGTTTAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGGGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACAGTCGCTCTGCGGCTTTAGCATATccc > 1:734192/1‑250 (MQ=255) 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ggatgatgatGCTATCGGCGGTGCCCCCCGAGCCTCTGTCGCGCAACAGGCGGGCAATCTGCCCGCGCAATACTCCCTGACCGGCTAACAGGTCATAGCCGAGACCGGTTTG‑CAGATTATGCGGCCCCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCATGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTACAGCATATCCAGCACCTGATCCCAc < 2:522439/250‑1 (MQ=255) cATCGGCGGTGCCCACCGAGCCGCTTTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTG‑CAGATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTc < 1:561474/250‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGAACACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTG‑CAGCTTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACCTCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCCGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCAc > 2:485338/1‑251 (MQ=255) 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cccGAAAACGGTTTG‑CAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTA‑CTGGCGGCTGGG‑CTTTACGTT‑GTGCGACAAAATAA‑CCCGAACGCGGCTGCg < 2:153868/250‑1 (MQ=255) accGGTTTG‑CATATTATGCGGCACCGCCCGGCTTAGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTA‑CTGGCGGCTGGG‑CTTTACGTT‑GTGCGACAAAATAA‑CCCGAACGCGGCTGCGGAGtga < 2:618558/249‑1 (MQ=255) gttggtagtttaggttgccccccccGGCTTAGCCCCCGCCGCAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTACTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGCTCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGGCATCGGCGGTA‑CTGGCGGCTGGG‑CTTTACGTT‑GTGCGACAAAATAA‑CCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAg < 2:640330/229‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |