Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 4,487,022 | C→T | R269C (CGT→TGT) | lptF → | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,487,022 | 0 | C | T | 99.2% | 444.9 / NA | 128 | R269C (CGT→TGT) | lptF | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (62/65); minor base G (0/1); total (62/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCATTGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGATGTGGACCGTTAACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCAACCTTTGGGACAC > NC_000913/4486776‑4487266 | gtggtcgtgGCCGATTCCGGACATTTACCCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCCGAACTGAACTGGTGTAt > 2:379222/1‑251 (MQ=255) tggtggtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATc > 1:517612/1‑251 (MQ=255) gggtggtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATc < 1:94394/250‑1 (MQ=255) gtggtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCAc < 1:389246/251‑1 (MQ=255) gggtggtCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGAGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATTCCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACCCCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACg < 2:214047/250‑1 (MQ=255) cGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTAt < 1:613366/251‑1 (MQ=255) aTTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTc > 1:10809/1‑251 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |