| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,301,071 | C→T | A670T (GCA→ACA) | mdtO ← | putative multidrug efflux pump subunit MdtO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,301,071 | 0 | C | T | 97.4% | 241.6 / NA | 78 | A670T (GCA→ACA) | mdtO | putative multidrug efflux pump subunit MdtO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (25/51); minor base G (0/2); total (25/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCGGGTCATTGAGTTGTTTCCACCACTGCGCCTGCGGCCAGCCGGAGCTGGCAAGATGAATATCGTCGGCCAGTTTGATTTGTTCCGGTTTGAGCTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGCCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTT‑CAAGCG‑TTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGCG‑TATTTCTCCAGGGCGTCGGCAAACTGACCTGCTCTGTCCGGCTGTAGTGCGTTATCCAGCGCCTGCGCCGAGTTCCAGGTGGCATCCCAGGCGT > NC_000913/4300827‑4301313 | cTGCGGGTCATTGAGTTGTTTCCACCACTGCGCCTGCGGCCAGCCGGAGCTGGCAAGATGAATATCGTCGGCCAGTTTGATTTGTTCCGGTTTGAGCTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGCGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGc > 1:349805/1‑251 (MQ=255) tcGGGTCATTGAGTTGTTTCCACCACTGCGCCTGCGGCCAGCCGGAGCTGGCAAGATGAATATCGTCGGCCAGTTTGAGGTGATCCGGTTTGAGCTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGGCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCt < 1:306170/249‑1 (MQ=255) gCGGGTCATTGAGTTGTTTCCACCACTGCGCCTGCGGCCAGCCGGAGCTGGCAAGATGAATATCGTCGGCCAGTTTGATTTGTTCCGGTTTGAGCTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGc < 1:439521/249‑1 (MQ=255) gCGGGTCATTGAGTTGTTTCCACCACTGCGCCTGCGGCCAGCCGGAGCTGGCAAGATGAATATCGTCGGCCAGTTTGATTTGTTCCGGTTTGAGCTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTGGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTg < 2:466776/251‑1 (MQ=255) 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aaTCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTT‑CAAGCG‑TTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGc < 2:341793/251‑1 (MQ=255) cgtcgtGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTT‑CAAGCG‑TTATTTGAGGAGACCGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGCG‑TAttt < 1:274289/251‑1 (MQ=255) ggcgtGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCTAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTGTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCGT‑CAAGCG‑TTAGTTGAGGAGAACTGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGGG‑TATTtc < 2:487998/249‑1 (MQ=255) 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> 1:622890/1‑248 (MQ=255) cTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCCAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTTCAA‑CG‑GTTTTTTTGGGGGACGGCGGGGGGCGGTTTCCAGAACCGCAGCGGTTTTTTTCC‑GGGGGTCGGCAAACTGACCTTCTCTTTTCCGCTGTAGGGGGGTATTCAGCGCCTTCGcc > 1:160268/1‑251 (MQ=255) cTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGGGTCCTTT‑CAAGGC‑TTATTTTGGGGGCACGGCTGCGGGGCGTTGGCACAACGGCAGCG‑GACTTCCCCCGGGCGGCGGGAAACTGACCCGCTCCGCCCCGCTGTATTGCGGTAttccccccccccccccgg > 1:370878/1‑234 (MQ=255) gCCTGTACCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTT‑CAAGCG‑TTATTTGAAGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGCG‑TATTTCTCCAGGGCGTCGGCAAACTGTCCTGCTCTGTCCGGCTGTAGTGCGTTATCCAGCGCCTGCGCCGAGTTCCa < 2:719675/251‑1 (MQ=255) 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cgTTAATGTCGGGGCTGGCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTT‑CAAGCG‑TTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGCG‑TATTTCTCCAGTGCGTCGGCAAACGTACCTGCTCTGTCCGGCTGTAGTGCGTTATCCAGCGCCTGCGCCGAGTTCCAGGTGGCATCCCAGGCGt < 1:345093/251‑1 (MQ=255) | CTGCGGGTCATTGAGTTGTTTCCACCACTGCGCCTGCGGCCAGCCGGAGCTGGCAAGATGAATATCGTCGGCCAGTTTGATTTGTTCCGGTTTGAGCTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGCCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTT‑CAAGCG‑TTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGCG‑TATTTCTCCAGGGCGTCGGCAAACTGACCTGCTCTGTCCGGCTGTAGTGCGTTATCCAGCGCCTGCGCCGAGTTCCAGGTGGCATCCCAGGCGT > NC_000913/4300827‑4301313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |