| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,423 | C→T | G160G (GGC→GGT) | sstT → | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,423 | 0 | C | T | 98.6% | 238.3 / NA | 70 | G160G (GGC→GGT) | sstT | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (39/30); minor base G (0/1); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGT > NC_000913/3240179‑3240661 | ccAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCa < 1:81493/251‑1 (MQ=255) aaTATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACt > 1:438000/1‑251 (MQ=255) tatCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGc > 2:16324/1‑251 (MQ=255) aCTGGGCATCTTCTGTGCGGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCTGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGTTGGTAATGAGCATGGTTTGCAACCCCATCGACGCGTTGCTGAGAGGTAACGTCTTCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCTGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCaaaaa < 1:311427/249‑1 (MQ=255) gggCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTgg < 1:539729/251‑1 (MQ=255) ggCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGt > 1:110081/1‑251 (MQ=255) aCCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTa > 2:541701/1‑226 (MQ=255) aCCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGGCACGGTa < 1:541701/226‑1 (MQ=255) tctGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTACTGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCACAACCCTGGTTAACGatct > 1:22722/1‑249 (MQ=255) ctgctgCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATg > 1:313362/1‑251 (MQ=255) gttgctCTGGCCGCAGTAGTCTTCATCTTTGCCTTCCCTTCTACCCGGCATTGATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGt < 1:245814/248‑1 (MQ=255) ctgctCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCg > 2:427642/1‑251 (MQ=255) gCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCCCCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGt > 2:712930/1‑251 (MQ=255) 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cccttcTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCAttc > 1:597770/1‑251 (MQ=255) aCCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTACGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCGCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGGCAgtcgcttc < 2:95437/249‑1 (MQ=255) gTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTCttttt > 2:230155/1‑251 (MQ=255) 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ggTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGt < 2:127083/251‑1 (MQ=255) atTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTttcttc < 1:152712/251‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCGTCAGGCATTTTCTAAGTGAGGCGCGGTCTGGTAATTAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCGGCTGAAAGTTAACTACATCGGGATTCGGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTGCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACTATATGTCGAATGCCGTTACCTTTAGGGTGAAACTGGTCACGCGCTTCGCACCGATTTCTATTTTTGTGCTGGTTtcttct < 2:80717/250‑1 (MQ=255) 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aGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAaccc > 2:162370/1‑250 (MQ=255) aaGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTcc < 1:129364/251‑1 (MQ=255) cgcgGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACtgtg > 2:173986/1‑251 (MQ=255) 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CCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGT > NC_000913/3240179‑3240661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |