| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,510,609 | C→T | P327L (CCG→CTG) | yfeO → | putative transport protein YfeO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,510,609 | 0 | C | T | 80.6% | 78.6 / ‑5.4 | 40 | P327L (CCG→CTG) | yfeO | putative transport protein YfeO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); major base T (22/7); minor base G (0/7); total (26/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTG‑GACCAGTTTCGCTGTTTAAA‑GGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTT‑GCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCC‑CGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAA > NC_000913/2510371‑2510831 | cACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTG‑GACCAGTTTCGCTGTTTAAA‑GGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTT‑GCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCC‑TGGCAGTGTTTGt > 1:467489/1‑251 (MQ=255) 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2:250049/1‑154 (MQ=255) tAAACTT‑GCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCC‑TGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGATGATGCTGAATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTATCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGACGTTTTAACCCATACCACATTGCTTCCGCTGCTCTGTATAGTc > 1:217335/1‑250 (MQ=255) aCTT‑GCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCC‑TGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGGACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCCTGc > 1:210219/1‑251 (MQ=255) cTGGTCGTTGCTGCCGCCCGTGGCTTTCGCGGTGGGCGACTCTTCC‑TGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCCGTCGTTGTACCCAATTCCACCTTGCTTCCGCTCCTCTGTagtgtcttggttcccgcctg > 2:287573/1‑232 (MQ=255) 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CACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTG‑GACCAGTTTCGCTGTTTAAA‑GGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTT‑GCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCC‑CGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAA > NC_000913/2510371‑2510831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |