| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 262957 | 0 (0.000) | 50 (0.910) | 47/372 | 0.2 | 100% | intergenic (+11/+371) | thrW/ykfI | tRNA‑Thr/toxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 297266 = | 0 (0.000) | intergenic (‑170/+115) | intF/yagP | putative phage integrase/putative LysR family substrate binding domain‑containing protein YagP | |||||
ATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGGAAGAAAGTCATCAAGCAGCGAT > NC_000913/297020‑297510 | acttacaagtggatcggcattggtgattacaccattcgtgcgtaaataaaaccgggtgatgcaaaagtagccatttgattcacaaggccattgacgcatcgccctgttagttttaaccttgtccaccgtgattcacgttcgtgaacatgtcctttcagggccgatatagctcagttggtagagcagcgcattcgtaatgcgaaggtcgtaggttcgactcctattatcggcaccattaaaatcaaaGAGtt < 2:215245‑M2/5‑1 (MQ=255) cttacaagtggatcggcattggtgattacaccattcgtgcgtaaataaaaccgggtgatgcaaaagtagccatttgattcacaaggccattgacgcatcgcccggttagttttaaccttgtccaccgtgattcacgttcgtgaacatgtcctttcagggccgatatagctcagttggtagagcagcgcattcgtaatgcgaaggtcgtaggttcgactcctattatcggcaccattaaaatcaaaGAGtt > 2:178517‑M2/246‑250 (MQ=255) acaagtggatcggcattggtgattacaccattcgtgcgtaaataaaaccgggtgatgcaaaagtagccatttgattcacaaggccattgacgcatcgcccggttagttttaaccttgtccaccgtgattcacgttcgtgaacatgtcctttcagggccgatatagctcagttggtagagcagcgcattcgtaatgcgaaggtcgtaggttcgactcctattatcggcaccattaaaatcaaaGAGTTAccc < 1:140238‑M2/9‑1 (MQ=255) tggatcggcattggtgattacaccattcgtgcgtaaataaaaccgggtgatgcaaaagtagccatttgattcacaaggccattgacgcatcgcccggttagttttaaccttgtccaccgtgattcacgttcgtgaacatgtcctttcagggccgatatagctcagttggtagagcagcgcattcgtaatgcaaaggtcgtaggttcgactcctattatcggcaccattaaaatcaaaGAGTTACCCCatat > 1:607181‑M2/238‑251 (MQ=255) atcggcattggtgattacaccattcgtgcgtaaataaaaccgggtgatgcaaaagtagccatttgattcacaaggccattgacgcatcgcccggttagttttaaccttgtccaccgtgattcacgttcgtgaacatgtcctttcagggccgatatagctcagttggtagagcagcgcattcgtaatgcgaaggtcgtaggttcgactcctattatcggcaccattaaattcaaaGAGTTACCCCATATTTa < 1:556886‑M2/17‑1 (MQ=255) cggcattggtgattacacccttcgtgcgtaaataaaaccgggtgatgcaaaagtagccctttgattcacaaggccattgacgcatcgcccggttagttttaaccttgtccaccgtgattcacgttcgtgaacatgtcctttcagggccgatatagctcagttggtagagcagcgcattcgtaatgcgaaggtcgtaggttcgactcctattatcggcaccattaaaatcaaaGAGTTACCCCATATTTaa > 2:464155‑M2/233‑250 (MQ=255) tggtgattacaccattcgtgcgtaaataaaaccgggtgatgcaaaagtagccatttgattcacaaggccattgacgcatcgcccggttagttttaaccttgtccaccgtgattcacgttcgtgaacatgtcctttcagggccgatatagctcagttggtagagcagcgcattcgtaatgcgaaggtcgtaggttcgactcctattatcggcaccattaaaatcaaaGAGTTACCCCATATTTAAATAcacc > 2:408947‑M2/227‑251 (MQ=255) 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gTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGccc > 2:574209/1‑251 (MQ=255) tAGGATCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAACTACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCg > 2:691761/1‑251 (MQ=255) cGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAAtt < 1:183981/251‑1 (MQ=255) 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ttatCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGgaaga > 2:306620/1‑250 (MQ=255) cggaaCCATTAAAATCAAAGATTTCCCCCATAGTTAAATACTCCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACTTCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAGGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGTGCGGAGCTTTGGTGCAATAGTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGGAAGAAAGt < 1:60340/246‑1 (MQ=255) cGGCACCATTAAAATCAAAGCGTTACCCCCTATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGGAAGAAAGtc > 1:249807/1‑251 (MQ=255) cGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGGAAGAAAGtc < 2:672220/251‑1 (MQ=255) cATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAAtt > 2:137302/1‑139 (MQ=255) cATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAAtt < 1:137302/139‑1 (MQ=255) aaaaTCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGAGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGGAAGAAAGTCATCAagcagc > 1:542649/1‑251 (MQ=255) tCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGGAAGAAAGTCATCAAGCAGCGAt > 2:232802/1‑250 (MQ=255) | ATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCTTTGGTGCAATATTGCGACGCTGTGGGAAATACAGATAGAAGCCCGGAAATTGTGGAAGAAAGTCATCAAGCAGCGAT > NC_000913/297020‑297510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |