| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 968,837 | G→A | D158N (GAT→AAT) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,837 | 0 | G | A | 95.0% | 54.3 / ‑5.9 | 20 | D158N (GAT→AAT) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (8/11); minor base C (1/0); total (9/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
GTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTG‑GCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTG > NC_000913/968592‑969080 | gTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAAACTGTGTTGATTTATCAACGCCCTGAAGGGGCTGGTGCGGGTTCTCCCGTTCTTTCTTATTCGGGAAAAGCCCTTCTG‑GGGCAACACCCCGATGGGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTGTACAGAATTACCCTCTGGCGCGTAAtgtg > 2:288402/1‑251 (MQ=255) 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ggCGCGTAATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTTCCTCGCCGCGGTGAAATTCCCATGCACCTGCTGGCGGGTCAACGGGTGGATTTAAGTACCGGGACGCGTTGGGACGTTTCTCAGCTTGAACATGGAGTgggggtggggggggttg > 1:251371/1‑236 (MQ=255) | GTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTG‑GCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTG > NC_000913/968592‑969080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |