| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,571,280 | C→T | E99K (GAG→AAG) | yjiR ← | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,571,280 | 0 | C | T | 94.7% | 114.1 / ‑5.0 | 38 | E99K (GAG→AAG) | yjiR | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (9/27); minor base G (0/2); total (9/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTT > NC_000913/4571035‑4571525 | ggggTTATGGCAGCCGCTGGTGATGAGGATGTCATCGGGGGTGACCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCCCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCa < 1:91763/248‑1 (MQ=255) gAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGAACACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAAGCGGGGCATCTGCTCTCGCAAAACTCGCTGACCGGCCAACAAGTCATAACCGAGAAACGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCACCCCAGAGGGTTTAGGCTGGGCGCTTCGGCATACGGGGTGCTTTTGCTTAACGGGACAATGGGACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCat > 1:86959/1‑251 (MQ=255) ttATGCCAGCCGCTGGTGATGATGATTTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGTATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGTTTTGCAGTTTATGCTGCACCCCCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCatat < 1:41433/250‑1 (MQ=255) ggggtagtatgagttcagcggcggTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCTTCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATACCCGAGAACGTTTTGCAGATTATGCGGCACCCCCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGGACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATca < 2:108636/233‑2 (MQ=255) ggggatgatgatGTCATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATc < 1:126979/246‑1 (MQ=255) ggTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGgc > 2:215238/1‑251 (MQ=255) cTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGt > 1:265139/1‑251 (MQ=255) gAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATcg > 2:114841/1‑251 (MQ=255) ggCGGGCAACTTGCCCCCGCAATACTCGCTGCCCGGCTAAAAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCGGCACCCCCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACt < 2:80102/251‑1 (MQ=255) cGGGCAATCTGCTCGCGCAATACTCGCTGACCGGCTAAAAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCCCCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGGCGCTATGCGCCTGCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTgg < 1:157650/251‑1 (MQ=255) 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aGCGGTTTCATGCTGGACGCTTTGACATCCGGTGTGCTTATGCTTAACCGAACAATGGAACTGACACTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCTCCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGTGCGGTGCACCGGATGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTGCGTGGGGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCTGAGTCATGAGCTGCATCATCTCCAGCGTCTGAGACACCTGCTGCTCGGTGCt < 2:48333/251‑1 (MQ=255) gggCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCCCCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGcc < 2:130842/249‑1 (MQ=255) tCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCTGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTcc < 1:190976/249‑1 (MQ=255) 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cgcCTTCAGCATATCCAGCCCCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTGAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCtt < 1:54636/251‑1 (MQ=255) cgcCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCtt < 1:206687/251‑1 (MQ=255) | CGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCC‑G‑GCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTT > NC_000913/4571035‑4571525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |