| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,487,022 | C→T | R269C (CGT→TGT) | lptF → | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,487,022 | 0 | C | T | 97.4% | 251.8 / ‑6.8 | 79 | R269C (CGT→TGT) | lptF | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (44/32); minor base G (0/2); total (45/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
GGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCATTGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGATGTGGACCGTTAACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCAACCTTTGGGACA > NC_000913/4486778‑4487265 | ggttgtggCCGATTCCTGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGGCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGGGTATCa < 2:269794/247‑1 (MQ=255) 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gACATTTACCCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGTAGAACGGAACTGGTGTATCACGTGGGTATTCACCgtg < 2:394311/251‑1 (MQ=255) gACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCgtg < 2:133787/251‑1 (MQ=255) gACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCgtg > 1:97666/1‑251 (MQ=255) aCATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGACCTGAACTGGTGTATCACGGTGGTATTCACCgtgt > 2:253551/1‑251 (MQ=255) ttAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTat > 1:46359/1‑251 (MQ=255) cAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGc < 2:149063/251‑1 (MQ=255) 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cGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGCCACCGCTCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGCAAAGGGAAGATGGAGCCGACGCtgt > 2:290597/1‑251 (MQ=255) gACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGGAAGCTGGACCCGACGCtgtg > 1:93970/1‑251 (MQ=255) aCCAGATGGACAGGCGCAAATTGTGGAACACTGACACCGATCGGGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTGGTAGTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGTTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTAATTTTCTTCCGGATCCAGACCTCCCTGAAAGCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGCCCCGACGCtgtgg < 2:352001/251‑1 (MQ=255) 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GGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCATTGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGATGTGGACCGTTAACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCAACCTTTGGGACA > NC_000913/4486778‑4487265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |