| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,524,184 | C→T | A438A (GCC→GCT) | mrcA → | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,524,184 | 0 | C | T | 98.6% | 241.5 / NA | 73 | A438A (GCC→GCT) | mrcA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (27/44); minor base G (1/0); total (28/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCAATCCTCAGCAAGCGACGGCGATGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCCGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTGACGCTGGCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGG > NC_000913/3523939‑3524430 | gcCAATCCTCAGCAAGCGACGGCGATGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTAt < 1:102432/251‑1 (MQ=255) ccAATCCGCAGCAAGCGACGGCGATGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATg < 2:378300/251‑1 (MQ=255) cAATCCTCAGCAAGCGACGGCGATGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCC‑TGGTGGCTGGCCCAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGGGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATgg > 2:329001/1‑251 (MQ=255) cAGCAAGCGACGGCGATGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGt < 1:106766/251‑1 (MQ=255) cAAGCGACGGCGATGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGGGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATGCTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAAGCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCgt < 2:218017/251‑2 (MQ=255) aaGCGACGGCGATGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAACGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGACCTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGt > 1:354418/1‑251 (MQ=255) aTGCTGGCGGACGGGTCGACCGTCGCATTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGAttt < 1:316894/251‑1 (MQ=255) gTCGACAGGCGCATTGGGTAAGAAAGGCGTTCTCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAGGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGTCGATGCA‑TGGGGGCTGGAACAAGTGCCGAAAGAGCAATCGGCGCAGGTGTCGATCAATCCGCAAAAAGGTGCTGGTATTGCGCTGGTCGGGGGCGTTGAATTCCATCatggcatgt > 2:136577/1‑243 (MQ=255) aTTGAGTATGGAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTCCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGGCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGTCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCGGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCa < 1:36079/251‑1 (MQ=255) ggAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCAc > 1:348206/1‑251 (MQ=255) gAAGGCGTTCGCTGGGCGCGTCCTTACAGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTACAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACt > 2:253761/1‑251 (MQ=255) aaGGCGTTCGCGGGGCGCTGCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGCCCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGGCAGGTTGGAGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCGGCCCAGGCACTg < 2:112643/251‑1 (MQ=255) ggCGCGTCCTTACCGTTCGGATACTCAGCAAGGACCGACGCCGCGTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGtt > 2:134594/1‑251 (MQ=255) 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gTAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGa < 1:83787/244‑1 (MQ=255) tAAAGTGACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTc > 1:270306/1‑251 (MQ=255) gACCGATGTTCTGCAAACGGGTCAGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTGACGc > 1:239210/1‑251 (MQ=255) 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aaaCGGGTAGGCAAATCGGGGTTCTGCAGGTTGGCGATGCAGTGG‑GGCTGGCACGAGTGCGGAAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAAGCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTGTGAGTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGTGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAACCCGTGCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTGACGCTGGCAAGTATGtt < 2:36165/250‑1 (MQ=255) gTCAGCAAATCTGGGTACGTCAGGTTGGCGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCAGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTGACGATGGCAAGTATGTTGAACg > 2:126080/1‑249 (MQ=255) aGCAAATCTGGGTTCGTCAGGTTGGGGATGCA‑TGGTGGCTGGCACAAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTGACGCTGGCAAGTATGTTGAACGAtgtg < 2:79661/251‑1 (MQ=255) 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acaAGTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCGGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTGACGCTGGCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGc < 2:325924/251‑1 (MQ=255) gTGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTGACGCTGGCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCgaa < 2:321191/251‑1 (MQ=255) tGCCTGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTCGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTg < 1:29541/176‑1 (MQ=255) tGCCGGAAGTGAACTCGGCGCTGGTGTAGATCAATCCGCAAAACGGTGCTGTTATGGCGCTGGTCGGTGGCTTTGATTTCAATCAGAGCAAGTTTAACCGCGCCACCCAGGCACTGCGTCAGGTGGGTTCCAACATCAAACCGTTCCTCTACACCGCGGCGATGGATAAAGGTCTg > 2:29541/1‑176 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |