| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 469,271 | G→A | G134E (GGG→GAG) | mdlA → | ABC transporter family protein MdlA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 469,271 | 0 | G | A | 95.8% | 148.2 / NA | 49 | G134E (GGG→GAG) | mdlA | ABC transporter family protein MdlA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (17/29); minor base C (2/0); total (19/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAA‑TGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTC > NC_000913/469034‑469513 | aGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCtg > 1:206330/1‑251 (MQ=255) gCCACCATGGCGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGGACTGCGTGAAGCTTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCCGCCTCCTGAGCTTTACCTGCGTCATCGCACAGGTGACCTCATCGCTCGCCCGGCCTATCACGTCGATCGCGCCGCGGTTTGC‑GACGGAGAAGCGGAGCTGCCGCTGGCCGGTTCACTgg > 1:157593/1‑247 (MQ=255) ggtttccGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGTGCTGCGCtgtg < 2:314426/245‑1 (MQ=255) gATTGCCGGTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTAGCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCtgt < 1:78313/249‑1 (MQ=255) tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTGGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTTGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTa < 1:351202/250‑1 (MQ=255) aTCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcgc > 1:288795/1‑229 (MQ=255) aTCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcgc < 2:288795/229‑1 (MQ=255) cGTTACGGCTGGCGGGTATTGCGTTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTAAACTGTGTTAATATTAGTTTCGACGGCGAAACCGGCAGCATCCTGAGTTTTTCCTGCGGCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGGGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCTGAGAAGTTGTGATGACGCTGGTGTATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAg < 2:326015/251‑1 (MQ=255) gggTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTACGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGCGGAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTAAGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGAcc > 1:25074/1‑251 (MQ=255) ggTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGAACCATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGGCGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCt > 1:138927/1‑251 (MQ=255) ggTATTGCTGTTTGGTGCGACTTATCAACGGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTAATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCt < 1:401588/251‑1 (MQ=255) gTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCtt > 1:12218/1‑251 (MQ=255) aTTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTAt < 1:79393/251‑1 (MQ=255) tGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTcc > 1:51125/1‑251 (MQ=255) ggTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTTAAGTTTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGt < 2:287815/250‑1 (MQ=255) gagcgccTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTAAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATAACGTCAATCGCGTCG‑CGATTGCCGCCGGCGAAGAGGCGCTGCCGCTGGGGGGTTCACTGGGGATGGGCTGGGGTGTGGTGATTATGATGTGAACGAAAACTAGCTGGCGAGT‑GACCTTTTTTTCCCTGTTg > 2:241519/7‑251 (MQ=255) cAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTTCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGt < 1:286332/251‑1 (MQ=255) ggCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGAt < 1:113171/249‑1 (MQ=255) aaCTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATg > 1:163004/1‑251 (MQ=255) aaCTGAGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGGGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGGGATGGCGATCATg > 2:21383/1‑251 (MQ=255) atGCGTGAAGATTATTGACGTCAGCTAAGCCTGCAGCAGCCTGAGTTTTTCCAGCGTCAGCGCACCGGTGACCGCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGTCGATCATGAt < 2:124715/250‑1 (MQ=255) gTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGGTGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑CGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGGTGCCAGTGATGGCGATCATGATTa > 2:140155/1‑249 (MQ=255) tattaCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTTAGTTTTCCCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACg < 2:108432/250‑1 (MQ=255) tattaCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGCAGAGGAGCTGACGCGGGTGGATTTCCTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTTGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTGCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGcaggtcggaagagcgtctggtg > 2:295194/1‑230 (MQ=255) tattaCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGc < 1:295194/230‑1 (MQ=255) tattaCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACg < 1:327119/250‑1 (MQ=255) cGTCAGCTCAGCCGGAAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCTCCGGTGACCTCATGGCTCGCGCGACCAATGCCGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGACGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCCAATTAGCTGGC‑CGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCCATCATGATTAAGCGCAACGGCGCTGc > 2:202851/1‑251 (MQ=255) cAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCGCCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCttt < 2:217619/251‑1 (MQ=255) 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cATCGCACCGGTTGCCTCAGGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGGCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGGGATGGGCTGCGCTTGGTTGATTATGATGGCTACGCAAATTTGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGGGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTGGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGtttt < 2:157593/250‑1 (MQ=255) cACCGGTGACCTCATGGATCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTGCCAGTc < 1:100495/251‑1 (MQ=255) ccGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCtt > 1:305274/1‑251 (MQ=255) 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cgccgGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAA‑TGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTg < 2:81453/251‑1 (MQ=255) ccgGAGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAA‑TGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGt < 1:322770/251‑1 (MQ=255) cgGAGAAGAGGTGATGAAGCTGGTGGATTCACTGGAGATGGGCTGCGCTGGGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCAGGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGAACAGGCGGCGTTTTACAGGATTAA‑TGACCGCACCCAGGAAAGCCTAACCAGTATCCGCATGATCACAGCCTTGGGtg > 2:93264/1‑250 (MQ=255) | AGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCG‑TGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGC‑AGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAA‑TGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTC > NC_000913/469034‑469513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |