| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 42,108 | G→A | intergenic (‑177/‑295) | caiT ← / → fixA | L‑carnitine:gamma‑butyrobetaine antiporter/putative electron transfer flavoprotein FixA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 42,108 | 0 | G | A | 95.0% | 62.0 / ‑5.9 | 20 | intergenic (‑177/‑295) | caiT/fixA | L‑carnitine:gamma‑butyrobetaine antiporter/putative electron transfer flavoprotein FixA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (9/10); minor base C (0/1); total (9/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GACGATTATTAACGGCGGAAAGAAAACCTTCGGTTCTATTCCCGTTTTTCTCTTTTCATTCTTCATGAGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTATTTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGC > NC_000913/41866‑42339 | gacgaTTATTAACGGCGGAATGAAAACCTTCGGTTCTATTCCCGTTTTTCTCTTTTCATTCTTCATGAGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTAATTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTAGTCAAGAAGCTGTATTCTGTGATTGGTAGCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGACGGCGttta < 2:112450/251‑2 (MQ=255) 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ttGTGTCGGGTGAATAGAAGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGc < 2:250300/250‑1 (MQ=255) | GACGATTATTAACGGCGGAAAGAAAACCTTCGGTTCTATTCCCGTTTTTCTCTTTTCATTCTTCATGAGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTATTTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGC > NC_000913/41866‑42339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |