| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,585,673 | C→T | W363* (TGG→TGA) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,585,673 | 0 | C | T | 98.6% | 240.3 / NA | 73 | W363* (TGG→TGA) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (32/39); total (33/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCG > NC_000913/4585428‑4585916 | aGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGCAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCt > 1:392512/1‑251 (MQ=255) ccAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCGCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTTGTCTTCATTGTTGTGCGGTATTCGCGCGCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGtt < 1:420112/251‑1 (MQ=255) ccAGCTCGCTCATGCCAGGGTTACCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGTTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCGTCCGGGCGGTGCCACTCGTGTAAGGCTTGCGACATATTGCGGGGATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGGTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTGTAAACCGTTGTTTTCCGCTTGTGTTCTGTCAGCTGGtt < 2:181017/251‑1 (MQ=255) cAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGttt < 1:27596/251‑1 (MQ=255) cAGCTCGCCCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTTATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGCGCATTTCAAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGAAAGGCTTTCCACCTATGGAGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTTGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGTGTCGCTGACGTGGCTTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGtat > 2:120465/1‑249 (MQ=255) cATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCAGTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTTCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCGTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATActc < 1:429601/249‑1 (MQ=255) ccAGGGTTATCGGCAAACCACTGATGCTGTTGTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTTTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCAc < 1:146260/251‑1 (MQ=255) tATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTc > 2:113796/1‑250 (MQ=255) cACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATc > 2:14348/1‑251 (MQ=255) cTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCg > 2:123457/1‑251 (MQ=255) 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tccagcagtgtgcccGGGGGGGGCCACCCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCCCGTCGCGATCCCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGTTTTTCGCGCCCGTTGTTGGAGTAGCAGAAGGGAATTTTAAACCGTTGTGTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAATGTTGCCCGCAGGa < 2:435881/237‑1 (MQ=255) cagcTCTTCCGGGCGGTGCCCCTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGTCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCTTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTGTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCCCTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCAt < 1:371618/251‑1 (MQ=255) gcTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTGTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCTCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCGTCATGCACTTCATCCGGGGAGTATTGCTCAAGCAAGGTTGCCCGCAGGAAGCCATTa < 2:392512/251‑1 (MQ=255) ccGGGTGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGaaa < 2:134509/251‑1 (MQ=255) cGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAAc < 1:167416/251‑1 (MQ=255) gggCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCCCGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAAc > 1:263341/1‑250 (MQ=255) 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tatTGCGGGAATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGCGTAGCCGCAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCCGCTGGTTTCATCCTCAGGCTCTTCTTCATGCACTTCATCAGGTGAGTAGTGCTCCAGCAAGGTTTCCCGCCGGAAGCCCTTATCGACACATTTACTGTAGCGTTACGACTCATTGAGCCTg > 2:277945/1‑251 (MQ=255) atTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTAGTTGTTGCGCGGTATTCGAGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAAACGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATACGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTgg > 2:384232/1‑251 (MQ=255) atTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTGTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGTGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTGTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATGGAGCCTg < 2:263341/250‑1 (MQ=255) 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ccGCTTTTGGTCTTCAATGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGCGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGGCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATTCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAATCAAGGTTTCCCGCAGGAAGACATTATCGAAACATTTACTTTACCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATAGTGTTACGTTTCGCCTCTa < 2:248484/250‑1 (MQ=255) ttgttgCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGAAGAAGGGGATTTTAAACAGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGGTTg > 2:464634/1‑251 (MQ=255) gttgCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGa < 1:464634/250‑1 (MQ=255) gttgCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAg < 1:113796/251‑1 (MQ=255) tgCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGc > 2:130577/1‑251 (MQ=255) gggTATTCGCGGCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTGTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTGCGTTTCGCCTCTGCCATCGCGATGGGTTTGAGGCCGAc < 2:70150/250‑1 (MQ=255) ggTATTCGCGCCCGGTGGTAGAGTAGCCGAAGGGGGTTTTAAACCGGTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCGGGTTTCCTACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCAGGGGAGTAGTGCTCAAGCACGGTTTCCCGCAGGGAGCCATTATCGCAGCATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGGTATTGTTGCGTTTAGCCTCTACCACCGCGACGGGGTTGAGGCCGAc > 2:185722/1‑250 (MQ=255) cgcgCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAg < 1:356536/250‑1 (MQ=255) cgcgCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCAGCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCTACAAACAg < 2:231339/250‑1 (MQ=255) 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AGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCG > NC_000913/4585428‑4585916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |