| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,380,469 | C→T | E17K (GAA→AAA) | frdB ← | fumarate reductase iron‑sulfur protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,380,469 | 0 | C | T | 97.6% | 276.3 / NA | 85 | E17K (GAA→AAA) | frdB | fumarate reductase iron‑sulfur protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (53/29); minor base G (0/2); total (54/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAGTTTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATA‑GAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGTCGCTGTACTCCAGGCGAGTCGTGCCATCAGCATCGCGGAAGGCGAGGGTGTGTTTGAGGAAGTTGACGTCGTCACGCTCGGTGCAACCTTCGTCCAGAC > NC_000913/4380222‑4380715 | aTCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAGTTTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGGGGGAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATC‑GAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCgg > 2:1038/1‑251 (MQ=255) 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gTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATA‑GAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGTCGCTGTACTCCAGGCGAGTCGTg > 2:128950/1‑251 (MQ=255) aGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCCCTTCATA‑GAATGCGCTATGCGGTGAGGTATCGACTTTCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGTCGCTGTACTCCAGGCGAGTCGTGc < 1:83227/250‑1 (MQ=255) gCCCAGCTCATCCAGTAATGAGGTAGGTGCGTCATAAGGCACTTCATA‑TAATGCGCTATTCTGTGCGGTATCGCCTGTCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTGTTTCATCGCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCTGCTGCATCCGATTCGCCACCGTAAACGCGGTTATCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGTCGCTGAACTCCAGGCGAGTCTTGCCa < 2:25822/251‑1 (MQ=255) 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> 1:30699/1‑157 (MQ=255) tCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATA‑GAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATGCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCt < 2:30699/157‑1 (MQ=255) aaTGAGGCAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATA‑GAATGCGCTATACGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCAATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACTCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTACTCTTCACGTCGCTGTACTCCACGCGAGTCGAGCCATCAGCATCGCGGAAgg > 2:274747/1‑251 (MQ=255) aGTTGCGTCATAAGGCACTTCATA‑GAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGTCGCTGTACTCCAGGCGAGTCGTGCCATCAGCATCGCGGAAGGCGAGGgtg > 1:180459/1‑251 (MQ=255) 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ATCGGGAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAGTTTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATA‑GAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATA‑GCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGTCGCTGTACTCCAGGCGAGTCGTGCCATCAGCATCGCGGAAGGCGAGGGTGTGTTTGAGGAAGTTGACGTCGTCACGCTCGGTGCAACCTTCGTCCAGAC > NC_000913/4380222‑4380715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |