| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,349,259 | C→T | intergenic (‑515/+56) | dcuB ← / ← dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/DNA‑binding transcriptional activator DcuR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,349,259 | 0 | C | T | 97.6% | 137.5 / ‑6.4 | 43 | intergenic (‑515/+56) | dcuB/dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/DNA‑binding transcriptional activator DcuR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (28/13); minor base G (1/0); total (29/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
TGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACA‑AGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACAC‑GCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTG > NC_000913/4349015‑4349496 | tGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAggg < 2:318057/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |