| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 469,271 | G→A | G134E (GGG→GAG) | mdlA → | ABC transporter family protein MdlA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 469,271 | 0 | G | A | 89.6% | 129.9 / ‑4.1 | 48 | G134E (GGG→GAG) | mdlA | ABC transporter family protein MdlA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/0); new base A (16/27); total (21/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCG‑TTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCC > NC_000913/469038‑469506 | ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCCGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGGCCAATGGCGGCGGTCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGGGGGGCTGACGCtggtgg > 2:151472/1‑251 (MQ=255)ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGTCCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCtggtgg < 1:91717/251‑1 (MQ=255) ccaTGGTGCTGATGTCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGc < 1:244492/251‑1 (MQ=255) ggtGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGGGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCtg < 1:246270/249‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGG‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGTTTCCCTGGTGATGGGCGG‑CGCTGTGTTgg > 2:382628/1‑250 (MQ=255) ggTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGGGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGGGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGGGCTGACGCTGGGGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGTTTATGATGt > 1:18177/1‑251 (MQ=255) gTTTATCTCCTGCGTTACGTCGGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTTCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGGTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTc < 1:222921/251‑1 (MQ=255) 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ggTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑CGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCt > 1:231800/1‑251 (MQ=255) gtgtggagttGGTG‑GTCGTATCAACTGGCTGGTGAACTGAGTGAAGATTATTTCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCAGTATGAGTTTTACCGTCGCGATTGCTGCGGTGACCTCATGGATCGTGCGTACAATTAAGTCGATTGCGTCGTGTTTGTCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACTCTGGGGGATTCACTGGTGATGTGCTG‑CGCGTTGTTGACTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGCCCTTAt < 2:122266/242‑1 (MQ=255) gTTTGGTGCGTCTTAACAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGAACAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTcc < 1:333605/250‑1 (MQ=255) ggTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTGTACCTGCGTCATCGCACCGGGGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGt < 1:417282/250‑1 (MQ=255) cAACCGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGACAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATAGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGGCGATCGAGTCGTGTGTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGAGGATTCACTGGTGATGGGCGG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCGGGCAGTTGACCGTATTTTCCCTGTGGCCGAGGCCAGt < 2:191657/251‑1 (MQ=255) gAACGGCGTGAATATTATTACCGTCAGTTAAGCCGGCAGCATCCTTAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCAt < 2:322258/251‑1 (MQ=255) aCTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCTTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGGGGGGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATgg > 2:345462/1‑250 (MQ=255) gTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTgtgt < 1:152577/168‑1 (MQ=255) gTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGACGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGGtgtgg > 2:152577/1‑167 (MQ=255) gAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAgcg > 1:13382/1‑251 (MQ=255) gAAGATTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTTACGCTGGTGGATTCACTGGGGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTGTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGAGTAAgcg < 2:327304/251‑1 (MQ=255) ccGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATg > 1:272404/1‑251 (MQ=255) cAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCGCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGAGCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCttt < 2:18177/251‑1 (MQ=255) 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cgtcgtGTTTTCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGTGCTG‑CGCTGGGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCGGGCACATGCGTCG‑TTTTCCAGTCTGAATGACCGCACTCGGGAAAGCCGCACCAGTATcgtcatga < 2:442252/251‑8 (MQ=255) tgtTTGCAGCCGGCGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTATAAGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTACCTGGTGCCGATGCCAGTGATGGCGCTCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCG‑TTTTCCAGTCTTAATGACAGCACCCAGGAAAGCCTCCCCAGTATCCGCATGATCaa > 2:285882/1‑250 (MQ=255) tGCCGCCGGAGA‑AGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCG‑TTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGcc < 1:12431/250‑1 (MQ=255) | CCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGA‑AGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTG‑CGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCG‑TTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCC > NC_000913/469038‑469506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |