| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 30.9% | 47.5 / 15.3 | 42 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase and phosphopantothenoylcysteine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/25); new base T (13/0); total (17/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.33e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTAC‑ACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACC‑GTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTCT > NC_000913/3813039‑3813522 | gattgccctgcgtccgacgaTTTGTCGGTCTTC‑CACTGCGCCTGTACCCGGCCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTTCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGGCAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TGTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑a < 2:73154/237‑1 (MQ=255) aaagccctgggaccgactagttGTCTGGCTACCACC‑GCCCGTGTAGCCGTGCCCCACGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑aa < 2:156638/231‑1 (MQ=255) tATCGACGATTTGTCTGGCTAC‑ACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGGG‑GA‑TTTTTTGCCCGTccaacacccgcaaaatctgaac > 1:149796/1‑230 (MQ=255) gacgaTTTGTCGGGATAC‑CCCGGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTa < 1:378550/251‑1 (MQ=255) acgaTTTGTCTGGCTAC‑ACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTGCG‑CA‑TTTTTTTCCCGCCAACCCCCTT‑GAACA‑TCTGAACATTAt > 1:392195/1‑251 (MQ=255) gtgtgtgtcaacgccggggccggTAGCGGTGCTCCCCGCCATGAGCCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGTGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGTTGATATCGGTCCTGGGCTAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTATCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAAGGACCTG‑AAACA‑TCTGAGCAGTATGAtt < 2:199695/228‑1 (MQ=255) ccccccgccccgtatcctgTGCCCCCCGCTGTGAACCAGCATAGGTCCCGTGCCGTTGCCCCGAATCATAATTAGGAGGTGCTTGTTCCCCGTGGTTTCCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATACCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTTGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTCCCCCCGTCACCGACCTG‑AACCA‑TCTGACCATTATGATTACCGCCGGccc < 2:392195/233‑1 (MQ=255) acCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTGAC‑CA‑TTTTTTTCCCCTCAACCACCTG‑AAAAA‑TCTGTACATTTTGATTACCCcccgcccgc > 1:317415/1‑250 (MQ=255) cgcCTGTAGCGGGGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTCCCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGt < 1:106061/251‑1 (MQ=255) ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTTGCCCCGCAACGACCTG‑AAACA‑ACTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGAcgcgggg > 1:88491/1‑248 (MQ=255) cgccGCCATGAACCAGCAGAGGTACCGTGCCGCTGCCACCCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTCCCCGGGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTACCCATTTTGGGTATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGCCCTG‑AAACA‑TCTGAACATGATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCgg < 1:284579/249‑1 (MQ=255) ccccGCCATGAACCAGCAGATGTCGCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCGGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGGGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGCCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCgg < 2:415367/251‑1 (MQ=255) gCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGCGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTACTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CC‑TTTTTTGCCCGTCCACACCCTG‑TAACA‑TCTGTAAACTATTATTAACGCCCGCCcgccgccggaacagcccgctccggggcg > 1:464876/1‑229 (MQ=255) aTGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGGGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTta < 1:4912/251‑1 (MQ=255) aCCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGAG‑GACTTTTTTGCC‑GGCAACGCACGG‑AAACAATTTGA‑CATTATGATTACCGCCGGCCCCCCCCGTGAACCGCTCGAACCCGCGCGTTATATCTCTaaaccc > 1:17860/1‑244 (MQ=255) cgggCCGCTGCCACGCTGCCTTTTTTCGAGGTGCTTGCTTCCCGTTGTTGGCTCTGCTGGGGGCTAGACAGAGTCCGTTGTGCTTTGGGGGATATCGGTCCTGGGCGATGGCTGGATCCGTTAACCAGTGTGTTAATGGCGTTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCACCGTCCTG‑AAACA‑TCTTAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCTGTGCGTTATATCGCTAATCACAGcgc < 2:336642/248‑3 (MQ=255) 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gcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTg < 1:131936/251‑1 (MQ=255) atgggTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACGGGGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATAGCGGGCCGGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCGGAACATGAGGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATcgccg < 1:192771/248‑1 (MQ=255) agagGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGGG‑CC‑TTTTTTGCCCCTCAAACACCCG‑AAACA‑TCTAAAAATTATGCTTACCCCCGGCCCCACGCGGGAAACGCCCCACCCGGTGCGGTATATCTCTAAACACACCTccccgaaaaaggggtttgttatcgccc > 1:203782/1‑226 (MQ=255) 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gtgATATGGGGCCTGGGCGAATGCTCGACCCTTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTCCGCCCGTCAACGCCCTG‑AAACA‑TCTAAACATTATGATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACg < 2:26955/251‑1 (MQ=255) gggTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATAGGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACC‑Gt < 1:304279/250‑1 (MQ=255) cTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTTGCCCGTCAACCACCTG‑AAACA‑TCTGGACATTATGGTTACCGCCGGCCCCACGCGTGAACCGCCCGATCCGGGGCGTTATATTTCTAATCACCACCCCGGCCAGA‑TGGGGTTTTTTATCGCCGCCCCCCCCGCCCCTCGTGTGGCGTACGTCCCGCTGGTGTCAGGGCCGGGTTCCCTACCCCCGCCCCC‑Ggttgtt > 2:76826/1‑251 (MQ=255) 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gATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CC‑TTTTTTGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCCGCCCCACGCGTGAACCCCCCGATCCGGGGCGTTTTATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCTCCCCCGCCCCTGCCCCGCGTGGCGCGGACGTCACGCTGGTATCCGGTCCGGGTTCACTACCGACGCCCCC‑GCTTTTTTAACGTGTtgaggt > 1:57814/1‑248 (MQ=255) gATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACAACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCCCCGGCCCGACGCGTGAACCGCCCGATCCCGTGCGGTATATCTCTAATCACAGCCCCGGCAAGA‑TGGGGTTTTCTATCTCCGCCGCCGCTGCCCGTCGGGGCGCGGACGTCCCGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTTCCGACGCCACCCGTTT‑TTTAACGTGTtgatgt > 1:197919/1‑251 (MQ=255) atatGGGGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATAGCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATTGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCGGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACC‑GTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATg < 1:230886/251‑1 (MQ=255) atggcggccggg‑cA‑TTTTTCTCCCGTCAAAGACCTT‑AAAAA‑TCTGCACATTATGATTACCGCCGGCCCGCCGCGAGACCAGCCCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCCGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGACACGCCGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACTCCCCC‑CATTGTTAAACGTGTTGATGTGCTTACCCCGCTGGAAATgg > 2:190544/12‑250 (MQ=255) g‑cA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACC‑GTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTg > 2:140820/1‑250 (MQ=255) ccGCCCGTCAACGCCCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACC‑GTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCtt < 1:76826/249‑1 (MQ=255) cGCCCGTCAACGACCTG‑AACCT‑TCTGAACATTATGATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATAGCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACC‑GTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTCt < 1:84244/251‑1 (MQ=255) | GAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTAC‑ACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCG‑CA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTG‑AAACA‑TCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGA‑TGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACC‑GTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTCT > NC_000913/3813039‑3813522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |