| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,791,286 | 2 bp→CT | coding (59‑60/1026 nt) | tdh ← | threonine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,791,287 | 0 | A | T | 98.2% | 182.8 / NA | 54 | V20E (GTA→GAG) | tdh | threonine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (23/30); total (24/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CGACAGTTGCGGCAATGACCACAGGTGATATGGCCTTCGCCAGAAACGCGATCGCCGATCTTGAAGCCTTTCACTTCCTGACCAATACCTACCACTTCACCGACATATTCATGGCCCACGACCATCGGCACCGGGATGGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTATAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATCAGCAGATCGTTATGCCCGAGTTCCGG‑TACAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATCTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTAAATGCTTCTACTGCACGCGTAATTTGCTCAGGGGTATGCGCCGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGAACGACCGGATAGAAGAAACCGGTAACGTAAATGCCCTCTTTTTGCAGCTCACG > NC_000913/3791047‑3791525 || cGACAGTTGCGACAGTGACCGCAGGTGATATGGCCTTCTCCAGAGACGCGATCGCCAATCTTAAAGCCTTTCACTTCCTGACCGATGCCTACTACTTCACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTc > 1:406818/1‑251 (MQ=255) gACCGCAGGTGATATGGCCTTCTCCAGAGACGCGATCGCCAATCTTAAAGCCTTTCACTTCCTGACCGATGCCTACTACTTCACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGccc < 2:163124/251‑1 (MQ=255) ggTGATATGGCCTTCTCCAGAGACGCGATCGCCAATCTTAAAGCCTTTCACTTCCTGACCGATGCCTACTACTTCACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGAAGCCCTCTTCCg < 1:339498/251‑1 (MQ=255) cTTCTCCAGAGACGCGATCGCCAATCTTAAAGCCTTTCACTTCCTGACCGATGCCTACTACTTCACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTg > 1:397744/1‑251 (MQ=255) 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cgatgcctactACTTCACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGttt > 2:317588/6‑250 (MQ=255) gatgcctactACTTCACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGAGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCACAGTTGTTTAc > 2:245698/5‑251 (MQ=255) tgcctactccTTCACCGAAATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGCTAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTAcc > 2:78469/10‑250 (MQ=255) tactaCTTCACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATAc > 1:193968/5‑251 (MQ=255) actaCTTCACCGACATATTCATGACCGACATCCATCGGCACCGGGATTGTTTTTTGCGACCTCTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATAcg < 2:141177/248‑1 (MQ=255) cACCGACATATTCATGACCGACAACCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCGCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTGAAt < 1:209266/251‑1 (MQ=255) 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acaaCCATCGGCACCGGGATAGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTGAATGCTTCTACTGCGCGCGTAAt < 2:193968/248‑1 (MQ=255) gatagTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTGAATGCTTCTACTGCGCGCGTAATTTGCTCAgggg > 1:419099/5‑245 (MQ=255) gatagTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTGTAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATTAGCAGATCGTTATGACCCAGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTGAATGCTTCTACTGCGCGCGTAATTTGCTCAgggg < 2:419099/241‑1 (MQ=255) 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> 1:242402/4‑251 (MQ=255) caGTTCCGG‑CTCAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATTTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTGAATGCTTCTACTGCGCGCGTAATTTGCTCAGGGGTATGCGCCGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGAACGACCGGATAGAAGAAACCGGTGACGTAAATGCCCTCTTTTTGCAGCTCACg > 1:218575/2‑249 (MQ=255) || CGACAGTTGCGGCAATGACCACAGGTGATATGGCCTTCGCCAGAAACGCGATCGCCGATCTTGAAGCCTTTCACTTCCTGACCAATACCTACCACTTCACCGACATATTCATGGCCCACGACCATCGGCACCGGGATGGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTATAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATCAGCAGATCGTTATGCCCGAGTTCCGG‑TACAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATCTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTAAATGCTTCTACTGCACGCGTAATTTGCTCAGGGGTATGCGCCGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGAACGACCGGATAGAAGAAACCGGTAACGTAAATGCCCTCTTTTTGCAGCTCACG > NC_000913/3791047‑3791525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |