| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,577,507 | C→T | S151N (AGC→AAC) | mcrC ← | Type IV methyl‑directed restriction enzyme EcoKMcrBC subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,577,507 | 0 | C | T | 92.3% | 29.5 / ‑3.8 | 13 | S151N (AGC→AAC) | mcrC | Type IV methyl‑directed restriction enzyme EcoKMcrBC subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (6/6); total (7/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
GTTTGCAGACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAGATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCC > NC_000913/4577308‑4577738 | gtTTGCAGACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCtat < 2:35624/251‑1 (MQ=255) aaaaCTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAAc < 1:191478/250‑1 (MQ=255) cactattGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATAATAGAAACGGTATTGTCCTTTGTTTTGACCTGGCATAGAATTATTGACGATGAATTTGCCGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCAATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGACGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACAAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTACCtt > 2:230765/6‑251 (MQ=255) tgacaaaggattaacaacactTTTTAGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGAAGTGTCCTTTGTTTTTTCCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTAATAATAATGCGTATTTTTTGCGCAATTCAGATAGCTGACATGTTGCGGAGTTAAATGAAGAGAGCTAATGAGCGGTAATTTTTTATAGCGTGAACGAGCTTCATCTCTGATTGTTGTATTTAACTTATCATg > 2:321046/20‑251 (MQ=255) gattaaGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTTTCCTTTGTTTTGGCCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACTCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTTCGTATTTAAATTAAGAGTGCTAATTCCCGTTAATTTTCTATAAAGTGAACTAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTATCTTTTCATGc < 1:141715/247‑1 (MQ=255) gTAATGACATCTCTTTTTCTTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAAGAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTT‑CCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGATTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAAGTTAACTTTTCATGCttaatta < 1:302026/251‑1 (MQ=255) gTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCttt > 1:46720/1‑251 (MQ=255) cAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGCATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAAtt > 2:64020/1‑251 (MQ=255) aTAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGtt > 1:140568/1‑249 (MQ=255) gAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCa < 1:152592/251‑1 (MQ=255) aaaCGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGcc > 2:315815/1‑249 (MQ=255) ccTTTGTTTTGACCTGGAATAAAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGTTGAAATGCTGCGGAGTTAAAGGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAAGTTTCTATAAAGTGAACGAGCTGCAGCTCTGATAGTTTAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCTAGCGTGTCTTCAtt < 2:413816/251‑1 (MQ=255) ttttCCGCCATACAGATGGTTGAAATGATGCGGAGTTAAATGACGAGTGCTAATGCCAGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTCATGTTCTTTTTATAATTCGATTAGCCAACGTGTCTTCATTAAGCATCTCACAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAGATGGAATCCTCGCATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGcc > 2:432939/1‑251 (MQ=255) | GTTTGCAGACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAGATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCC > NC_000913/4577308‑4577738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |