Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,428,370	A→G	R119R (CGT→CGC)	insH5 ←	IS5 family transposase and trans‑activator

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,428,370	0	A	G	100.0%	15.3 / NA	14	R119R (CGT→CGC)	insH5	IS5 family transposase and trans‑activator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (5/9);  total (5/9)

CATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGATTTCGTACAGGGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCTCGATGAC  >  NC_000913/1428319‑1428609                                                    |                                                                                                                                                                                                                                                catcatGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACATAGCATCTGCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGcc                                          <  1:278528/251‑1 (MQ=11)    catGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTc                                       <  2:93953/251‑1 (MQ=11)                 tCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGccc                            <  2:224074/249‑1 (MQ=11)                   ggCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGTTGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCt                        >  1:64333/1‑251 (MQ=11)                    gccagccaGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCATCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGTCCATTGCCCGCCtt                       <  2:61691/251‑1 (MQ=11)                    gccagccaGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCTTCGGCCATTGCCCGCCtt                       <  1:303693/251‑1 (MQ=11)                      cagccagcGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCCGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTgg                     <  1:143365/251‑1 (MQ=11)                         ccagcGAATGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAAGAGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCCAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCACACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTACATGGCCCCGTCGCTACGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGAGGATCGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGa                   >  2:428932/1‑250 (MQ=11)                          cagcGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGTCAGTTGATGCTGCACCAGCAGGGGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCACTATCCAGGGCTAACCGGGCAAACAGACACATGGAGGCGATTTCGTCCAGGGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGCTAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGAt                  >  2:435980/1‑250 (MQ=14)                          cagcGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGAt                  >  1:367924/1‑250 (MQ=11)                            gctattcaTGGTCTTGAACAATTGGCGTGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGGTCCGGCAAGGCGTTATCCAGAGATAACCGGGCAATCAGACGCATTGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCGCCAGCGGATAGGGCCGTCGACCATTGCCCGCCTTGTGATa                 <  1:310286/242‑1 (MQ=11)                             cGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATaaaa              <  1:430545/251‑1 (MQ=14)                                  gATGGTCTTGAACAAGTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATCGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCt         <  1:190373/251‑1 (MQ=14)                                          tGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCTCGCTGAc  >  2:14863/1‑250 (MQ=14)                                                    |                                                                                                                                                                                                                                                CATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGATTTCGTACAGGGCATCTTCCATGGCACCGTCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGATAGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCTCGATGAC  >  NC_000913/1428319‑1428609

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑