| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,795,847 | T→C | L307L (TTG→CTG) | waaF → | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,795,847 | 0 | T | C | 98.0% | 147.2 / ‑6.3 | 49 | L307L (TTG→CTG) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (27/21); total (28/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
CATGAAGCGGGCAATGAGATTCTTGCCGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATG‑CATGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAA > NC_000913/3795601‑3796092 | cATGAAGCGGGCAATGAGATTCTTGCCGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGAt > 1:112926/1‑251 (MQ=255) gCGGGCAAGGAGATTCTTGCCGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCAGGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCGGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCGGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCgg < 1:146387/251‑1 (MQ=255) gggCAATGAGATTCTTGCCGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGGTTACCGGCt > 1:170234/1‑251 (MQ=255) gagaTTCTTGCCGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGACCCTGGCGGGGGCAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCGATcaca > 2:43721/1‑250 (MQ=255) cTTGCCGCTTTGAATACCGCGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCg > 1:313254/1‑251 (MQ=255) cGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTTCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCCCACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTaa > 2:230276/1‑249 (MQ=255) ttGAATCCCGTGCAGCAGGCAGGGTGTCGGAACCTGGGGGGGAAAACACAGCTGAATCAGGGGGTTATCCTGATTGCAGCCTGAAAAGCCATTGTCACTAACGATTCGGGCATAAGG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGTTTGCCTTGAATGGTCCGAGTAGCCCGGATTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTg < 2:243876/250‑1 (MQ=255) ttGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTg > 1:104708/1‑250 (MQ=255) aaTACCGCGCAGCAGGCATGGAGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGATATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCCTAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGAAAAGGTGACGc > 2:348449/1‑251 (MQ=255) ccGAGCAGCAGGAATGGGGTCGGATCCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGTTCAAGCGGTTATCCTGATGGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGTTGCTGGCCTAATG‑ACCGTTGCGGCGGCGCTCAAC‑CGCCCGCTGGTGGCCTGGTATGGTCGGAGCAGCCTGGACTTCACCCCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCg < 1:281396/251‑1 (MQ=255) 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cGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCtt > 1:315204/1‑251 (MQ=255) ccTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAACGGTTTTCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAAAGATTCTGGCCTAATG‑CCCGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGACCGGACTTCCCAACGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTTCAATTCCCGGCTATCACAAAATGCGTAAAGGGGGCGCTGCGGAGGGTTATCACCAGGGCTTGATCg > 2:209574/1‑251 (MQ=255) acacAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTcccc > 1:37955/1‑250 (MQ=255) acaGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAgc > 1:398355/1‑251 (MQ=255) catcTTGATCAAACGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAACGACATTGTCCCTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCACACAAT‑CGTCCGCTGGTTTCCCTGTATGGTCCGCATAGCCCGGACTTAACACCGCCGATATACCATAAAACGCGCGAGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGTCGCTGCGGAGGGTTCTCACCAGCGAGTGGTCGACATTACTCCCCAgcg > 2:416469/4‑251 (MQ=255) aaTCAGGCGGTTATCCTGAGTGCGGCCTGTAAAGCCATGGTCACTAACGACTCTGGCCTAATG‑CACGTTGGGGCGGCGCCCAAG‑CGTCCGCTGTTTGCCCTGTATGGGCCGAGTAGCCGGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGAGCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTAc < 2:170234/249‑1 (MQ=255) ccAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCTTGTAAAGCCATTGTCACTAACGTTTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTgg < 1:206690/250‑1 (MQ=255) aaGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGga > 1:308962/1‑250 (MQ=255) tATCCTGCTTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGTCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGACCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACACAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTc > 2:283845/1‑250 (MQ=255) tGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAAcgcg > 1:78550/1‑251 (MQ=255) tGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCCTAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAgg > 1:229625/1‑164 (MQ=255) taaagcatctGTCACTAGCGATTGTGGCTAAATG‑CACGTTGCGGTGGGGCTCACT‑CGCCCGCTGGTCGCCCTGTTGGGTCCGTTTCGCCCTGTCTCCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑aa < 2:87539/241‑1 (MQ=255) 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tCACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGATGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAACGCAGCTCTCCCATAAAGCGCGCGCGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTACCGCCGCGGAGGGTTATCACCAGACCTTGATCGACATCACTCCCCAGCGCGTAATGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑ACGAGAAAACCTg > 1:193809/1‑250 (MQ=255) cACTAACGATTCTGGCCTAATG‑CACGTTGCGGCTGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGAGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGGGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGACGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGACGCCTGAc > 2:102405/1‑251 (MQ=255) ggatccgggcagaaggcgcgtgggggcggcgCTCAAT‑CGTCCGTGGGTGGCACGTTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCGGACGGATGc < 2:373653/227‑1 (MQ=255) 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agaggggggggcgtccAAT‑CGTCCGCTGGTGGCCCTGTATGTTCCGACTGGCCCGGGTTTCAAACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCATCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTTGAATAACTCATCGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGATGCTTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTaaa < 2:46438/235‑1 (MQ=255) cAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCg > 1:75483/1‑251 (MQ=255) cAAT‑CGTCCGCTGGTTCCCCGGTATGGTCCGAGTAGCCCGTACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATggg < 1:68298/249‑1 (MQ=255) gCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTcc > 1:287234/1‑251 (MQ=255) ggTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGCCTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCAt < 1:311623/250‑1 (MQ=255) gTATGGTCCGAGTAGCCCGGCCTTCCCACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGccc < 2:75483/250‑1 (MQ=255) 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aGCGCGCGTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACt < 1:335142/251‑1 (MQ=255) cgTGATCCGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCTATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAATTTTGACTGggtgg < 1:336361/251‑1 (MQ=255) ccGTCTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTGATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCAAACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGgaa < 1:230276/250‑1 (MQ=255) | CATGAAGCGGGCAATGAGATTCTTGCCGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATG‑CATGTTGCGGCGGCGCTCAAT‑CGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTAC‑AAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAA > NC_000913/3795601‑3796092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |