| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,795,366 | C→T | R146R (CGC→CGT) | waaF → | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,795,366 | 0 | C | T | 98.6% | 237.0 / NA | 73 | R146R (CGC→CGT) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/38); minor base G (0/1); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATATAGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGCACAGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGAAAAATCATATACCTGTAATCAATTTTCGCTTTCATCAGAACGTCCGATGATTGGTTTTTGCCCGGGTGCGGAGTTTGGTCCGGCAAAACGCTGGCCACACTACCACTATGCGGAGCTGGCAAAGCAGCTGATTGATGAAGGTTATCAGGTGGTTCTGTTTGGCTCGGCGAAAGATCATGAAGC > NC_000913/3795131‑3795608 | aaCGCCGCAAACTGGTTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGGCCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTg < 2:97619/251‑1 (MQ=255) aacgtggccATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCGTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTTCGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCa < 2:245662/243‑1 (MQ=255) gcttGCGTGAAAAGCGCTACGGCCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATGAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTAGGACAAAGGCAGTATGCGTCCCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTTTGGCCg < 2:54079/248‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTCTGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGAGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGc > 1:214657/1‑251 (MQ=255) tGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGc > 1:153735/1‑251 (MQ=255) aGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATTGCCGCAGTTGCAGGTg > 1:333793/1‑251 (MQ=255) gcTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGc < 1:98043/251‑1 (MQ=255) 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gCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAATATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGGGAAAAATCATATACCTATAATCAATTTTCGCTTTCATCATAACGTCCGATGATTGGCTTTTGCCCGGGTGCGGAGTTTGGTCCGGCAAAACGCTGGCCACACTACCACTATTCGGATCTGGCAAAGCTGCtgat < 2:197916/251‑1 (MQ=255) cTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACACAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGaaa > 1:254973/1‑119 (MQ=255) cTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGTTGATCGAAGTTGaaa < 2:254973/119‑1 (MQ=255) ggCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGAAAAATCATATACCTGTAATCAATTTTCGCTTTCATCAGAACg > 2:97314/1‑157 (MQ=255) ggCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGAAAAATCATATACCTGTAATCAATTTTCGCTTTCATCAGAACg < 1:97314/157‑1 (MQ=255) 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AACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATATAGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGCACAGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGAAAAATCATATACCTGTAATCAATTTTCGCTTTCATCAGAACGTCCGATGATTGGTTTTTGCCCGGGTGCGGAGTTTGGTCCGGCAAAACGCTGGCCACACTACCACTATGCGGAGCTGGCAAAGCAGCTGATTGATGAAGGTTATCAGGTGGTTCTGTTTGGCTCGGCGAAAGATCATGAAGC > NC_000913/3795131‑3795608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |