| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,795,336 | A→C | I136V (ATA→GTC) | waaF → | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,795,336 | 0 | A | C | 98.5% | 229.8 / ‑5.6 | 69 | I136V (ATA→GTC) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (31/36); total (32/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
CTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATATAGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGCACAGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGAAAAATCATATACCTGTAATCAATTTTCGCTTTCATCAGAACGTCCGATGATTGGTTTTTGCCCGGGTGCGGAGTTTGGTCCGGCAAAACGCTGGCCACACTACCACTATGCGGAGCTGGCAAAGCAGCTGATTGATGAAGGTTATCAGG > NC_000913/3795095‑3795574 | cTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGcc > 1:118059/1‑251 (MQ=255) aTGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGcc < 1:93161/249‑1 (MQ=255) gCCTCTCGGTCACGGAGGGATGGAAAGCGGCGACCGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGGGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCACACTCCTTCAAATCTGCATGAGTGCCTGTCTGCGCGGGTATTCCTCAGCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGACCGCTATGTCGCGCTGGCCTAt < 2:4935/250‑1 (MQ=255) cGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACaa > 1:16873/1‑249 (MQ=255) cGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCAtt > 1:411531/1‑250 (MQ=255) ggAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTAt < 2:436866/251‑1 (MQ=255) aaCGCCGCAAACTGGTTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGGCCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTg < 2:97619/251‑1 (MQ=255) aacgtggccATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCGTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTTCGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCa < 2:245662/243‑1 (MQ=255) gcttGCGTGAAAAGCGCTACGGCCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATGAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTAGGACAAAGGCAGTATGCGTCCCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTTTGGCCg < 2:54079/248‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTCTGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGAGTACCGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGc > 1:214657/1‑251 (MQ=255) 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CTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATATAGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGCACAGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGAAAAATCATATACCTGTAATCAATTTTCGCTTTCATCAGAACGTCCGATGATTGGTTTTTGCCCGGGTGCGGAGTTTGGTCCGGCAAAACGCTGGCCACACTACCACTATGCGGAGCTGGCAAAGCAGCTGATTGATGAAGGTTATCAGG > NC_000913/3795095‑3795574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |