| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,792,501 | C→G | R17R (CGG→CGC) | kbl ← | 2‑amino‑3‑ketobutyrate CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,792,501 | 0 | C | G | 93.9% | 141.3 / NA | 49 | R17R (CGG→CGC) | kbl | 2‑amino‑3‑ketobutyrate CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (17/29); minor base T (0/3); total (17/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
GGAAGGCCGCCAGTTTTTGTTCAAGCTCTTTATGGCTGTCCTGAGTGCCGCAAATAAAACGCACCGAAGCCATGCCGAAACCGTGAGAATCCATTCCCGCCTTTGCCGCCGCAATCAGATCAGGATGATTCGCCAGCCCGAGATAGTTGTTGGCACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAACACTTCTGCAAAATTCAGGATAAATAACGTGTAACTTGATGTCTCTCAACACCTACAGATAGTAGAAAAACTGTACAGTTTTGGCTGGGCATAATGATGATTGATTTTACTGCA > NC_000913/3792254‑3792739 | gaaatgccgccAGTTTTTGTGCAAGCTCTTTATGGCTGTCCTGAGTGCCGCAAATAAAACGCACCGAAGCCATGCCGAAACCGGGAGAATCCATCCCCGCCTTTGCCGCCGCAATCAGATCCGGATGATTCGCCAGCCCGAGATAGTTATTGGCACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCGCGt < 2:326545/246‑1 (MQ=255) atgccgacAGTTTTTGTTCAAGCTCTTTATGGCTGTCCTGAGTGCCGCAAGTAACCCGCACCGAAGCCATGCCGAAACCGTGAGAATCCATTCCCGCCTTTGCCGCCGCAATCAGCTCCGGATGATTCGCCAGCCCGAGCTAGTTATTGGCACAAGAGTTAATGACGTGTCTTCCATCACCCACAGTGCTCTCTTCTTTCTGCGCAGACGTCATAATACTCTCTTCTTTCAACAACCCTTCCGCGCGTGCg > 2:175999/3‑251 (MQ=255) ctTTATGGCTGTCCTGAGTGCCGCAAATAAAACGCACCGAAGCCATGCCGAAACCGTGAGAATCCATTCCCGCCTTTGCCGCCGCAATCAGATCCGGATGATTCGCCAGCCCGAGATCGTTATTGGCACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCGCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAActgc > 2:355643/1‑251 (MQ=255) ttATGGCTGTCCGGAGTGCCGCAAATAAAACGCACCGAAGCCATGCCGAACCCGGGAGAACCCATTCCCGCCTTTGCCGCCGCAATCAGATCCGGATGATTCGCCAGCCCGAGATAGTTATTGGCACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCGCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAActgc < 2:221986/249‑1 (MQ=255) 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GGAAGGCCGCCAGTTTTTGTTCAAGCTCTTTATGGCTGTCCTGAGTGCCGCAAATAAAACGCACCGAAGCCATGCCGAAACCGTGAGAATCCATTCCCGCCTTTGCCGCCGCAATCAGATCAGGATGATTCGCCAGCCCGAGATAGTTGTTGGCACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAACACTTCTGCAAAATTCAGGATAAATAACGTGTAACTTGATGTCTCTCAACACCTACAGATAGTAGAAAAACTGTACAGTTTTGGCTGGGCATAATGATGATTGATTTTACTGCA > NC_000913/3792254‑3792739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |