| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,788,688 | C→T | D196D (GAC→GAT) | yibQ → | divergent polysaccharide deacetylase domain‑containing protein YibQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,788,688 | 0 | C | T | 97.7% | 139.6 / ‑6.1 | 43 | D196D (GAC→GAT) | yibQ | divergent polysaccharide deacetylase domain‑containing protein YibQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (26/16); minor base A (0/1); total (26/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CCCTATGCCGTGGGGATCAACAACCACATGGGCAGCAAGATGACCTCTAACCTGTTTGGTATGCAGAAAGTGATGCAGGCGCTGGAGCGTTACAATCTTTACTTCCTCGACAGCGTAACCATCGGTAATACCCAGGCGATGCGCGCCGCGCAAGGCACTGGCGTGAAGGTGATCAAACGGAAGGTATTCCTCGACGATTCGCAAAATGAAGCGGACATCCGTGTGCAATTTAATCGCGCAATTGACCTGGCGCGTCGCAACGGTTCGACCATTGCCATTGGGCATCCTCACCCTGCAACGGTACGCGTGTTGCAACAGATGGTTTATAACCTGCCGCCAGACATTACGCTGGTGAAAGCCAGCAGCTTGCTGAATGAACCGCA‑GGTTGATACTTCTACACCGCCGAAAAACGCTGTGCCTGATGCACCGCGTAATCCGTTCCGTGGCGTGAAGCTGTGCAAACCGAAGAAACCGATAGAACCTGTTTAT > NC_000913/3788443‑3788931 | cccTATGCCGTGGGGATCAACAACCACATGGGTAGCAAGATGACCTCTAACCTGTTTGGTATGCAGAAAGTGATGCAGGCACTGGAGCGTTACAATCTTTACTTCCTCGACAGCGTAACCATCGGTAATACCCAGGCGATGCGCGCCGCGCAAGGTACTGGCGTGAAGGTGATCAAACGGAAGGTGTTCCTCGACGATTCGCAGAACGAAGCGGACATCCGTGTGCAATTTAATCGCGCAATTGATCTGgc > 2:216387/1‑251 (MQ=255) 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cAATTGATCTGGCGCGTCGCAACGGTTCAACCATTGCCATTGGGCATCCTCACCCTTCAACGGTACGCGTGCTACAACAGATGGTTTATAACCTGCCGCCAGACATTACGCTGGTGAAAGCCAGCAGCTTGCTGAATGAACCGCA‑GGTTGATACTTCTACACCGCCGAAAAACGCTGTGCCTGATGCACCGCGTAATCCGTTCCGTGGCGTGAAGCTGTGCAAACCGAAGAAACCGATAGAACCTGTTTAt > 1:157827/1‑251 (MQ=255) | CCCTATGCCGTGGGGATCAACAACCACATGGGCAGCAAGATGACCTCTAACCTGTTTGGTATGCAGAAAGTGATGCAGGCGCTGGAGCGTTACAATCTTTACTTCCTCGACAGCGTAACCATCGGTAATACCCAGGCGATGCGCGCCGCGCAAGGCACTGGCGTGAAGGTGATCAAACGGAAGGTATTCCTCGACGATTCGCAAAATGAAGCGGACATCCGTGTGCAATTTAATCGCGCAATTGACCTGGCGCGTCGCAACGGTTCGACCATTGCCATTGGGCATCCTCACCCTGCAACGGTACGCGTGTTGCAACAGATGGTTTATAACCTGCCGCCAGACATTACGCTGGTGAAAGCCAGCAGCTTGCTGAATGAACCGCA‑GGTTGATACTTCTACACCGCCGAAAAACGCTGTGCCTGATGCACCGCGTAATCCGTTCCGTGGCGTGAAGCTGTGCAAACCGAAGAAACCGATAGAACCTGTTTAT > NC_000913/3788443‑3788931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |