| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,787,809 | T→G | V324V (GTT→GTG) | envC → | murein hydrolase activator EnvC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,787,809 | 0 | T | G | 98.8% | 273.4 / NA | 80 | V324V (GTT→GTG) | envC | murein hydrolase activator EnvC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (37/42); total (38/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGTACCGGTGGTCTGGGCGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAACAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTAC‑TGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGG‑TTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCC > NC_000913/3787577‑3788053 | tccgatctcgTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTAGAGACCGCCAGAAAGAAGCGAAGAGCAAAGGCACCACCTACACACAGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGGGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCCGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGTTGCATCGCTATGGCGAGCAACTACCGGGTGAATTAAGCTGGAGAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGt > 1:172230/9‑251 (MQ=255)cgAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGGTGGTGATTGGTGCCTCTGAAggg > 2:328758/1‑250 (MQ=255) gAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGCTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCCCGGGCCGACGCCGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGCGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAgga > 1:120179/1‑249 (MQ=255) aaaGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGGGAGGCCCAGGCGGCTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGGGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGGCGCTGCATCGCTATGGCTAGCAGCTACAGGGTGAAGTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTTCCTCTGAGGGTAc < 2:409280/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |