| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,787,713 | C→T | G292G (GGC→GGT) | envC → | murein hydrolase activator EnvC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,787,713 | 0 | C | T | 93.9% | 217.9 / NA | 85 | G292G (GGC→GGT) | envC | murein hydrolase activator EnvC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (40/37); minor base G (4/1); total (47/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGCTGGCAGGGCTGGAGTCTTCCATCCAGCAAGGTCAGCAACAGTTGAGCGAGCTGCGCGCCAACGAATCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGTACC‑GGTGGTCTGGGCGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAACAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTAC‑TGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGG‑TTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGG > NC_000913/3787468‑3787957 | aCGCTGGCGGGGCTGGAATCTTCCATCCAGCAAGGTCAGCAGCAGCTAAGTTAACTGCGTGCCAACGAATCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACT‑GGTGGCCTGGGTGcgcc < 1:141324/251‑1 (MQ=255) 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gcgTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACT‑GGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTAC‑TGAAg < 1:227870/251‑1 (MQ=255) gcgTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACT‑GGTGGCCTGGGGGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCGGCATCGCTATGGCGGGCAGCTAAAGGGGGAATTACGCTGGAAAGGGATGGGGATTGGTGCCTCTGAAGGTAC‑TGa > 2:21103/1‑249 (MQ=255) aGAACGAGAATCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACT‑GGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTAC‑TGAAGTTAAAg < 1:194926/251‑1 (MQ=255) 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ACGCTGGCAGGGCTGGAGTCTTCCATCCAGCAAGGTCAGCAACAGTTGAGCGAGCTGCGCGCCAACGAATCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGTACC‑GGTGGTCTGGGCGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAACAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTAC‑TGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGG‑TTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGG > NC_000913/3787468‑3787957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |