| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,635,116 | G→A | W92* (TGG→TGA) | yhiM → | inner membrane protein YhiM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,635,116 | 0 | G | A | 97.4% | 115.5 / NA | 39 | W92* (TGG→TGA) | yhiM | inner membrane protein YhiM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/12); minor base C (1/0); total (27/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTAATCCCTTTGATTATGGGCTTAATTTGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTATTCTTCATTAATCGGTAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCATTTGGTCT > NC_000913/3634870‑3635362 | aTTAATCCCTTTGATTATGGGCTTAATTTGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTGATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCAc > 2:111039/1‑251 (MQ=255) aTGGGCTTAATTTGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGTCAAAGCGATGATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTTCCGCATTTATTATCATTTCTCAGCTCACGCGCGGCGTTAATTCGTGTTACAATTCATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCTTGCAatg < 2:401269/250‑1 (MQ=255) aTGGGCTTAATTTGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAatg > 2:311865/1‑250 (MQ=255) ggCTTAATTTGTATCGCGTTCGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAAtgatgt > 2:438164/1‑251 (MQ=255) ggCTTAATTTGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCACTTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAAtgatgt > 1:353434/1‑251 (MQ=255) gCTTAATTTGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAAtgatgtg > 1:137315/1‑251 (MQ=255) ttGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCa < 2:88226/250‑1 (MQ=255) 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ttattaTCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAACACATTGTTCCCCATTATTAGCTATGCGGGGTCAATTATCAACATGATATGGGATTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAACATGCAGCGGGGAGc > 1:184934/1‑251 (MQ=255) cGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTc > 2:365525/1‑152 (MQ=255) cGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTc < 1:365525/152‑1 (MQ=255) cGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCgggg > 1:37049/1‑236 (MQ=255) gTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCtt > 2:329293/1‑250 (MQ=255) aatacgcttcaccatcaattcttCCCCATTATTGGCTCTACGGGGTCCATTATCACCATGATATGGGGTTGAGAACTGTCAGCAGGCAATGCTGTGATGGCAGCCGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATCTTCGGCGTTGGTCTGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCACGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTAttc > 2:427693/22‑251 (MQ=255) aCGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAAAACCGGTACAGGCTTAttattc > 1:288500/1‑251 (MQ=255) 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atatGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCCTCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAATAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTATTCTTCATTAATCGGAAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCAt > 1:438248/1‑251 (MQ=255) atatGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGACGGCCATGTTATTTGCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGTTGGCAGCGTCATCCGGTCACTGTCTGCTCATTCCCAAAAAGGCATCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGTCTTATTCTTCATTAATCGTTAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCAt < 1:425093/251‑1 (MQ=255) atGGGGTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTATTCTTCATTAATCGGTAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCAttt < 1:329293/251‑1 (MQ=255) gTTGAGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTATTCTTCATTAATCGGTAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCATTTGGTCt > 1:360950/1‑251 (MQ=255) | ATTAATCCCTTTGATTATGGGCTTAATTTGTATCGCGTTAGGTGGCTTTGTGCTGGAAAGTTCAGGGCAAAGCGAGTATTTCGTCGCGGGTCATGTGCTGATTTCTCTGGCGGCCATATGCCTGGCATTATTCACTACCGCATTTATTATCATTTCGCAGCTCACGCGCGGCGTTAATACGTTTTACAATACATTGTTCCCCATTATTGGCTATGCGGGGTCAATTATCACCATGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTATTCTTCATTAATCGGTAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCATTTGGTCT > NC_000913/3634870‑3635362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |