| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 27.3% | 65.7 / 10.8 | 45 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase and phosphopantothenoylcysteine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/27); new base T (12/0); total (18/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATG > NC_000913/3813025‑3813486 | gctgcCGGAATGGCGAATGCCCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTTGcc > 1:83495/1‑251 (MQ=255) gAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCCTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTGCGC‑CTTTTTTTCCCGT‑Cacccaactgg > 2:98974/1‑242 (MQ=255) ggTATCGACGTTTGGTCTGGCTCCCCCGGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑Ga < 2:221707/251‑1 (MQ=255) ggTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGG‑CTTTTTTGCCCGT‑CAAcccccctaacaccctt > 1:247565/1‑235 (MQ=255) gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGAAGCGC‑CTTTTTTGCCCGT‑CCACGACCCCAAACAACT‑GAAAAttt > 2:287273/1‑250 (MQ=255) gcctacccttGCGCTTGTGGCCGTGCCCCCCGCCAGGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGTGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTATCCATTGGGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCTT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTAccgccg < 1:195007/242‑1 (MQ=255) cTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGACCCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGC‑GTTTTTCGCCCGA‑CTACGACCTGAAAAATCTTGAA‑ATTATTA‑TTAccccccgc > 2:74566/1‑245 (MQ=255) ccccggcccctggcacccgcgCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCGGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGCCCTGGGCAAAGGCTGGAGCCGTTAACCATGGTGGATATTGCGGTAGCGC‑ATTTTGCGCCCTT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGccc < 2:305421/231‑1 (MQ=255) ccccggccccgtcacccgggccccccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTAGGA‑TTACCGCCGGCCCg < 1:110764/229‑1 (MQ=255) cacCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑CTTTTTTGCCCGT‑CAACCACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGcccc > 1:173281/1‑250 (MQ=255) gTAGCCTTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAAcc < 1:70387/251‑1 (MQ=255) aGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGCTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑CTTTTTTGCCCGT‑CAACGGCCTGGAACATCC‑TACGCTTATGA‑TTTCCGCCCGCCCGACGCGTGaaaccc > 1:332313/1‑247 (MQ=255) gTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑CTTTTTTGCCCGT‑CAACGACCTGGAACATCT‑GAACATTAAGG‑TTACCGCCGGCCCCGCGCGGGAACCGcccgc > 1:41613/1‑247 (MQ=255) ccGCCATGACCCAGCAGATGTCCCTTGCCGTTGCCCCGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGTTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCATTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTACCCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTg < 1:273718/251‑1 (MQ=255) gaactgtgggATGTCCCGTGCCGTTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCTTGGGGGAATGCTCGATCCGTTAACCAGTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGAGGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTtata < 1:238395/242‑1 (MQ=255) gAACCAGCAGCTCTACCGTGCCGCTGCCTCGCAGCGTAATTTAGAGGTGCTTGTCTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACATTGGCAGGCAGGCTTGGGGT‑GATATCGGTCCGGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATTGGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTtag < 2:264576/250‑2 (MQ=255) 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gCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCTGGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGTTATGGCGGTAGCGC‑TTTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACACCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGAt < 1:120114/251‑1 (MQ=255) agcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTGCGC‑CTTTTTTGCCCCT‑CAACGAACTGAAACATCT‑GAAAATTATGA‑TTACCGCCGGGCCGACCCGTGGACCGCTCGATCCGGTGCGTTATTTTTCTAATcaccaccacggccaaatggggttt > 1:296163/1‑230 (MQ=255) gTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAAACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAg < 1:242948/228‑1 (MQ=255) 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gggTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTg < 1:98974/250‑1 (MQ=255) cTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑CTTTTTTGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATAA‑TTACCGCCGGCCCGCAGCGTGAACCCCTCGATCCGGTGCGTTATATTTCTAATCACAACTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCCGCCCCTCGTGGGGCGaccgcc > 1:159941/1‑245 (MQ=255) gggggagaGACAGGGGCAGTCAGG‑TTGGGGTTGATACCGGTCCGGGGCGAATGCTCGATCCGTAAACCTTTGTGGATAGGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGCCCTAAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGGAATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACg < 2:115816/244‑1 (MQ=255) ccAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCATTTTT‑GCCCCT‑CCACCACCCTAAAAATCT‑GAACATTATTA‑TTTCCGCCCGCCCCACGCGGGAAACGCCCCATCCGGGGCGTTATATTTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATTGGGTTTGCTATCGCCGCCGCCCCCGCCCCGCGGGGCGCGAACGTCACGCTg > 2:237652/1‑249 (MQ=255) ccAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTg < 1:237652/249‑1 (MQ=255) aGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCCGCCCCACGCGGGAACCCCCCGATCCGGGGCGTTTTATCTCTACTCACCGCCCCGGCAAGATGGGGTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCCTGGCGCGGACGTccccctgggat > 1:56229/1‑241 (MQ=255) 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cAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGTGC‑CTTTTTTGCCCGTACAA‑GACCTGTAACATCT‑GAACAATATTA‑TTACCGCCGGCCCCACGCGGGAACCCCTCCATACGGGGCGGTATATCTCTAATTACCGATCCGGCCAGCAGGGGTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCCGCGTGGCGCGCACCGGACGCTGGGATCAGGGCCgg > 1:188515/1‑251 (MQ=255) gt‑gATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACg < 1:287273/251‑1 (MQ=255) t‑gATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑CTTTTTTGCCCGT‑CAACCACCTGGAACATCT‑GAACATTATTA‑TTACCGCCCGTCCGACGCGTGAAACGCTCGCTCCGGTGCGTTTTATCTCTTATCACAGCCCCCGCAAGAAGGGGTTTGCTATCGCCGCCGCCCCCGCCCCCCGTGGCGCGCACGCCACGCTGGTATCAGGGCCGGGTTCACTACCGgcgc > 1:106945/1‑251 (MQ=255) ggATATCGGTCCTGGGCGAAGGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTGTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATAGCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTGCCGACGc < 2:41613/250‑1 (MQ=255) atCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATACGGCGGTAGCGC‑CTTTTTCGCCCGT‑CAAAGAACTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGGCGCGTGGACCGCCCGATCCGGTGCGGTATATCTCTAATCAAAGCTCCGGCAAGATGGGGTTTGCTATCGCCGCCGCCGCCGCCCGTCGTGGGGCGGACGGCCCGCTGGGATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCAcc > 1:255110/1‑251 (MQ=255) gggCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGGGGATTGGGCGGGAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTa < 2:173281/250‑1 (MQ=255) 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2:154427/1‑136 (MQ=255) ggTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATcgcc < 1:154427/136‑1 (MQ=255) | GCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT‑GATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGC‑ATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGA‑TTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATG > NC_000913/3813025‑3813486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |