| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 3,854,774 | (GGCT)2→1 | coding (853‑856/1185 nt) | emrD → | multidrug efflux pump EmrD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3854771 = | 2 (0.060) | 50 (1.640) | 43/472 | 0.0 | 96.2% | coding (850/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
| ? | NC_000913 | = 3854766 | 2 (0.070) | coding (845/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD | |||||
TTTTCGGTAACAGCGGTTTTAACTGTTATTTGCTGATGCTGATTGGCGGTCTGGCCGGGATTGCCGCCTTTGAAGCCTGCTCCGGCGTGCTGATGGGCGCGGTGTTAGGGCTGAGCAGTATGACGGTCAGTATTTTGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAA‑TGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGT‑CGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCC > NC_000913/3854529‑3855014 | acgcttttcggtaacagcggttttaactgttatttgctgatgctgattggcggtctggccgggattgccgcctttgaagcctgctccggcgtgctgatgggcgcggtgttagggctgagcagtatgacggtcagtattttgtttattctgccgattccggcagcgttttttggcgcatggtttgccggacgtcccaataaacgcttctccccgttaatgtggcagtcggttatctgctgcctGCTGGCTTg < 2:4214‑M1/9‑1 (MQ=255) tttcggtaacagcggttttccctgttatttgctgatgctgattggcggtctggccgggattgccgcctttgaagcctgctccggcgtgctgatgggcgcggtgatagggctgcgcagtatgacggtcagtattttgtttattctgccgattccggccgcgttttttggcgcatggtttgccgggcgtcccaataaacgcttctccacgttattgtggcagtcggtttactgctgcctGCTGGCTTGCTGAt < 2:22946‑M1/14‑1 (MQ=255) cggtaacagcggttttaactgttatttgctgatgctgattggcggtctggccgggattgccgcctttgaagcctgctccggcgtgctgatgggcgcggtgttagggctgagcagtatgacggtcagtattttgtttattctgccgattccggcagcgttttttggcgcatggtttgccggacgtcccaataaacgcttctccacgttaatgtggcagtcggttatctgctgcctGCTGGCTTGCTGAtgtg > 2:111547‑M1/235‑251 (MQ=255) acagcggttttaactgttatttgctgatgctgattggcggtctggccgggattgccgcctttgaagcctgctccggcgtgctgatgggcgcggtgttagggctgagcagtatgacggtcagtattttgtttattctgccgattccggcagcgttttttggcgcatggtttgccggacgtcccaataaacgcttctccacgttaatgtggcagtcggttatctgctgcctGCTGGCTTGCTGATGTGGATcc < 1:162260‑M1/22‑1 (MQ=255) 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attccggcagcgttttttggcgcatggtttgccggacgtcccaataaacgcttctccacgttaatgtggcagtcggttatctgctgcctGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAA‑TGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGCTGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGgcgcg < 1:326882‑M1/162‑1 (MQ=255) ttccggcagcgttttttggcgcatggtttgccggacgtcccaataaacgcttctccacgttaatgtggcagtcggttatctgctgcctGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAA‑TGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGgcgcgc < 1:70145‑M1/163‑1 (MQ=255) ccggcggcgtttgttggcgcatggtttgccggacgtcccaataaacgcttctccactttaatgtggcagtcggttatctgctgcctGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAA‑TGTCTGGACGCTGCGCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTg > 2:162260‑M1/87‑251 (MQ=255) 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cgttaatgtggcagtcggttatctgctgcctGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAA‑TGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGT‑cggcg > 1:229506‑M1/32‑203 (MQ=255) gctgcctGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAA‑TGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGCTGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGT‑CGGTGGTCTGCAAAAAATTGGTTCCGGTGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTTAAGGCAGcc < 1:230617‑M1/244‑1 (MQ=255) gctgcctGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAA‑TGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGT‑CGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGCTGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGcc < 1:306207‑M1/244‑1 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |