| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 537,024 | C→T | P147S (CCG→TCG) | glxR → | tartronate semialdehyde reductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 537,024 | 0 | C | T | 97.6% | 130.3 / NA | 42 | P147S (CCG→TCG) | glxR | tartronate semialdehyde reductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (20/21); minor base G (0/1); total (20/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGT‑TTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTA > NC_000913/536778‑537246 | gACACCCCTCAGGGTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATGGAAACTAAGCGGTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGTGGTGAAATCGGTGCGCGTTAAGTGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAATCGCt < 2:242967/251‑1 (MQ=255) 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gatgaAGCGGTATTTGAACGTGTTAAATCGCTGT‑TTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTa < 2:115304/250‑1 (MQ=255) | GACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGT‑TTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTA > NC_000913/536778‑537246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |